起動させたいパーティーションが「起動可」になっていますか？
なぜか希に設定がずっこける事があります。

リカバリー起動ディスクで起動し、fdiskを実行します。メニューから「2.状態を変更」を選んで起動可とすれば回復すると思います。廃棄する前にその他の手だてをいろいろと試してみられることをご推奨致します。

色々とご助言ありがとうございます。ＨＤＤのパーティーション起動可になっております。複数のＨＤＤで確認いたしました。やはり廃棄でしょうか？

捨てる前に、念のため、スーパーリセットか、Cモスクリア
かけてみるのは、如何でしょうか？　　それから捨てても遅くないかと.....。

> 未使用のHDDでも確認しましたが同じでした。
その場合、DISKINITによる初期化は行ったでしょうか?
いきなりFDISKから始めるとIPLと起動メニューが正しく動作せず、
うまく起動できないと思いました。

最初のHDDも、データは見えるのでしたらIPL/起動メニューの部分だけ多少の損傷があった可能性があります。
言うまでもありませんが、DISKINITをかけるとHDD内容は消えてしまいますので、
もしまだデータが残っているのでしたらDISKINITをしなくてもその部分だけ書込むフリーソフトもあります。
http://weblabo.griffonworks.net/dorlog/2nddorcom/98maniacs/22118.html

ただし注意点として、逆にPC-98で正しく起動できるようになったHDDは
物理フォーマットしないとAT互換機では起動できなくなるのですが、これもフリーソフトで対策できます。
http://weblabo.griffonworks.net/dorlog/2nddorcom/98maniacs/23349.html

みんなお力になれればということで答えて下さっているのですから，あまり廃棄廃棄と言わない方がよいかと。

＞ 症状はある日突然HDDから起動しなくなりました。FDDからは問題なく起動できます。
私も同じような症状になったことが有ります。その時は HDD のデータは見えていましたので、SCANDISK をしたら直りました。

ボード類を全部取り外してみるとか、CPU を元に戻してみるのも一つの選択肢かも。

皆さん色々とご意見ありがとうございます！

>あまり廃棄廃棄と言わない方がよいかと
すみません！当方としても何とか復旧させたいです(我が家のPCでは最後の９８ですから)

>その場合、DISKINITによる初期化は行ったでしょうか
未使用のＨＤＤとは以前このＰＣで使用していたものです。

>ボード類を全部取り外してみるとか、CPU を元に戻してみるのも一つの選択肢かも
一応やってみましたが症状は変わらずです。

>SCANDISK をしたら直りました。
まだ、やっていませんので行ってみます。

起動しないHDDは内蔵ディスクでしょうか？それともSCSIのディスクでしょうか？
内蔵ディスクの場合、8GB以下でしょうか？この機種は8.4GB以上の大容量ディスクは使用できません。
Windowsをインストールしないで、単純にHDDをフォーマット、システム転送だけとし、起動させます。
A:>
となりますでしょうか？もしなったとすれば、HDDは多分正常で、別の箇所に原因があるような気がします。

月並みですが、FDISK /MBR は試しましたでしょうか。
PC-98でもWindows98のDOSモードでは/MBRが使えるそうです。
# 前述のログにあるIPL_MENUが使えれば、そちらのほうが良さげですが・・・。

また、SCSIでHDDがあるならメモリスイッチの起動優先順位をSCSIに設定し、
そこから立ち上がる起動メニューから内蔵HDDを立ち上げることはできないでしょうか?
# なお自動起動の設定がなされていると起動メニューが出ませんので、
# メモリカウント後に[TAB]キー押しながら起動してメニューを出します。

(一部訂正；)

ケーブルを変えてみれば。

私もＦ２００が似たような症状になり、色々とやった結果、今使用し得ないＶ１３のケーブルに変えたら正常に起動しました。

電源が原因の可能性も…