EMW-64とのことですが、EMW-P64Mの間違いではないでしょうか?
その場合はパリティジェネレータという、パリティ相当の機能を実現するための
薄くて正方形なICがメモリの真ん中に付いていると思います。
一方で、EMW-64Mというものもあります。
これは普通のパリ付きメモリであるEMF-32Mを2枚セットにしたものなので
(多分)厚みのあるICが9個または12個、付いていると思います。
パリティジェネレータの場合、(メーカー側は対応しているとうたっていますが)
個体によっては相性みたいなものが出る場合があります。
それと、Xt13(とXt16)は癖が強い機種なので、メモリや取り付ける拡張ボードを選びます。
#ディスクの読み込みが遅い時点で、すでにその影響が出ているように思います。
加えて、NT4.0はパリティエラーなどの検出が厳密に行われているらしいです。
1枚目のディスクの途中で「エラーを検出する部分」が読み込まれるために
ディスク読み込み途中で発生するエラーを検出して停止してしまうのだと思います。
(NTWって、NT4.0 WorkStationのことですよね?)
似たような事例の過去ログがありましたので、参考までに。
http://weblabo.griffonworks.net/dorlog/2nddorcom/pc-98/41405.html