こんにちはgooといいます。
私はWindows2kとWindows98SE(OEM)のデュアルブートしてます。
私のやった方法は
WIN98を立ち上げた状態で、CDROMに2000のCDをいれます。
その中のアップグレードで新規にインストします。
インスト先はDでいいとおもいます。そのままかってに
できます。
2000をNTFSでFORMATしますと、98からはHDがみえません。
また、状態としましては、BIOS　メモリーチェックのあと
2000と98どっちを起動しますか？っときいてきますので
あとはお好きのようにでっす。

もう一つ2000を消すときDだけ消してもマスターブートレコーダを
書き換えてありますのでうまくいきません。そこで
1. HDD のブートセクタを Win98用に戻す
　・Win98 で起動DISK を作成。
　　コンパネ→アプリケーションの追加と削除→起動DISK
　・作成したら起動DISK を使って PCを立ち上げ、以下の
　　コマンドを打ち込み、ブートセクタを書き換える。
　　sys a: c:

2. Cドライブ(Win98)内にある、削除出来る Win2K用のファイル。
　・ C:oot.ini
　・ C:
tldr
　・ C:
tdetect.com
　・ C:ootsect.dos
　・ C:ootfont.bin

3. Dドライブが Win2Kのドライブのようですので
　 Dドライブ内のファイルを削除。
　 この際、Favoritesフォルダ、My Documentsフォルダの中身は必要に
　 応じてバックアップして下さい。
　
がんばってくださいね。

ん？　逆じゃないのかな。
C:Windows2000
D:Windows98SE
を希望していらっしゃるのでは。

私はこの様な環境で使っていないので憶測の部分が多いですが、
１．Win98SEのfdiskでC:とD:の領域を確保する。
２．２つのドライブをフォーマットする。(FAT16 or FAT32)
３．D:にWindows98SEをインストールする。
４．C:にWindows2000をインストールする。
と言う手順になると思います。
★この構成ではC:ドライブにNTFSを利用できない？ と思われますが、識者の方どうでしょうか。

会社のDOS/Vパソコンで、１番目のパーティション(NTFS)にWindowsNT4.0WSを、２番目の
パーティション(FAT32)にWindows98SEをインストールして使っています。
お互いのフォーマットを認識できないので、OS上ではどちらもＣドライブ起動になってます(^^;

手順としては、最初のパーティションにWindowsNTを入れて、２番目のパーティションにPC
付属の再セットアップCDよりWin98SEをリストアしました。
(もしかしたら、Win98SEをリストアする前に、FDISKで２番目のパーティションをアクティブに設定したかも知れません)

しかし、WinNTの起動メニューではWin98SEを起動できないのでOS-BSで両方のOSをメニュー
で切り替えて起動できるようにしています。

>いーとんさん：
>★この構成ではC:ドライブにNTFSを利用できない？ と思われますが
Win2Kの方は問題ないと思いますが、Win98SEの方が起動できないと思います。
(NTFSを認識できないので、ドライブレターが１つずれて、Cドライブ起動になってしまう)

あ！まちがってました
C:Windows2000
D:Windows98SE
この構成なんですね。。まちがえましてすいません。
この前Cに2000（NTFSで）をいれてからDに98をいれましたら
BOOTセレクターがたちあがらななくなってしまったと記憶してます。
みやたさんと同じで何かツールで起動メニューを出さないとだめです。

皆さんレスありがとうございます。
>gooさん
すいません、読みにくい書き込みになってしまって・・・(^^;

>>★この構成ではC:ドライブにNTFSを利用できない？ と思われますが
>Win2Kの方は問題ないと思いますが、Win98SEの方が起動できないと思います。
これに関しては、両ドライブともFAT32を使う予定なので多分大丈夫だと思います。

いーとんさんの書かれた
>１．Win98SEのfdiskでC:とD:の領域を確保する。
>２．２つのドライブをフォーマットする。(FAT16 or FAT32)
>３．D:にWindows98SEをインストールする。
>４．C:にWindows2000をインストールする。
でいこうと思うのですが、もう少し質問していいですか？

質問１．HDの領域確保はc:、d:共に基本領域で確保する？
（この辺が9821と異なるのでちょっとわからないです）
質問２．ＣＤからブートしてd:にWin98SE(OEM)、c:にWin2kを
インストールすることが出来るのか？
質問３．Win98の後にWin2kをインストールすればWin2kのブートセレクターが
ちゃんと働くので特にツールを用意する必要はない？
以上３つの質問なんですが、よろしくお願いします。

質問2
ですがツールがないと2000がたちあがりません。
質問3
WIN98をさきにDに入れるというのはどのようにしてやったらいいのでしょうか？
2こHDがあって入れ替えても、MBRにBOOT情報が残っているので、Cに2000　DにWIN98
という構成は、ツールなしでやるのは無理と思うのですが。反対だったらそのまま
でいけますが。

A1.基本領域は１つでC:のみ、D:は拡張領域で取ります。
A2.出来ると思います。
　 Win98SEのインストール先にD:を指定すれば良いだけのはずです...(未確認モード
　 ただし、My Document や Program Files はC:に作成されると思いますのでこの辺を細工
　 する必要が有りますね。
　 My Document は Tweakui などのユーティリティーで場所を移動できます。
A3.そうだと思います。
　 システムコマンダーなどを使ってデュアルブートにしてしまった方が良い面もあります。

あと、Win98SEをC:に入れWin2000をD:に入れる（gooさんの方法）方が後の面倒が無いはずです。
メインでWin2000を使用するので有ればこの方法でNTFSを利用する方が良いと私は思います。
(C:FAT32,D:NTFS5)

たびたびのレスありがとうございます。gooさん、いーとんさんのお勧めの通り
C:Win98、D:Win2k　にしようと思います。結局はgooさんの１のレスの通りに
やればいいんですね(^^;
>メインでWin2000を使用するので有ればこの方法でNTFSを利用する方が良いと私は思いま
>す。(C:FAT32,D:NTFS5)
Win2kをメインで使うつもりですが、Win98からも見えた方が何かと便利だと思うのでFAT32にしようと思います。
皆さんありがとうございました。