こんばんは。環境が少しよくわからないのですが、

＞プライマリ、セカンダリのどちらに繋げれば良いのか、

はどちらのHDDを主用途にするのか、どちらのHDDからブートするのか？と言う事によっても
変わってきます。
方法的には
プライマリのマスターに高速HDD
セカンダリのマスターに低速HDD
セカンダリのスレーブにCD-ROMが良いかもしれません。

ちょっと型番がはっきりしないので断言はできませんが、最近のHDDはかなりのスピードなので
案外５４００回転でも十分なスピードだったりします。　（笑
スピード面では心配が無いと思います。
ですから、使い方にも寄りますが
＞5400回転繋げたらパフォーマンスが落ちる、5400回転のHDDに引きずられる、等など、詳しい方レスお願いします。

と言う事はないかな？と思います。
あまり詳しい人間ではありませんが・・　（汗

最近のHDは5400rpmでも一世代前の7200rpmのやつ並の速度出ますからねぇ…（ごみレス）

すいません、環境書きます。
OS　WIN98SE
M/B　AX63PRO
GA　G400　32MB
SC　YM744
CD-ROM　SCSI　32X　PLEXTOR　
CD-R　SCSI　8X　PLEXTOR
HDD　FIREBALL　PLUS　LM　U-ATA66　15GB　プライマリマスター接続
SCSI　IFC-USP
IDEのCD-ROMは、付けてません。
こんな感じです。

PLUS LMなら10GB/プラッタなので、現時点では最速だからプライマリ、マスター以外考える必要はないでしょう。
遅いHDDに足引っ張られるようなこともないです。

そうですか、それではセカンダリ、マスターでGoします！
ゼータさん、みゃんさん、XGP15A2さん、有り難う御座いました。
ちなみに、マクスター　ATA66　30GB　5400回転が、19980円でした　型番は、解りません。

　UDMA33とUDMA66を一本のケーブルに混在させると速度低下が起こったような。
UDMA66同士なら問題ないっしょ。

XGP15A2さん＞PLUS LMなら10GB/プラッタなので、現時点では最速だから
ＲＥＤさんには、非常に申し訳ないのですが、
友人がFireBallPlusLMを使用しているのですが、体感速度も含めて、それほど速くないです。
具体的には、HDBench v3.22にて、Read25MB Write20MB Filecopy14MBです。
そのうえ、発熱もすごい上に、五月蝿いです。
そして、とても高いです。(^^;

森井ＣＩＴＹさんへ。
いえいえ、全然申し訳なくないですよ、有益なパーツ情報知ってれば、次ぎ買うときに参考になるじゃないですか、逆にありがたいっす！(^^;
ちなみに、うちの、LM15GBは、12800円でした、ある意味ラッキーかな？
ではでは

>森井ＣＩＴＹ さん　
　はて？私はAMD756にFireBallPlusLMをDMA/66で接続していますが、HDBench v3.22にて、Read30MB位までいきますよ。まあ、 それに10GBプラッタの7200rpmのATA HDDだとそんなもんじゃないですかねえ？まあ、とんでもなくうるさいのは確かですね（苦笑
　次買うときはMaxtorかWestarnDigitalにしようと心に誓わせる一品でした（笑）