オンボード側のグラフィックが「無効」にならずとも、起動時のBIOS画面の出力が
増設した側のグラフィックカードから行われる状態になるのなら、
Windows上で両方認識させた状態から、プライマリディスプレイを
PCI側に変更すればいいわけですが、それができないのでしょうか。

とはいえ3Dゲームを快適に実行するためなら、マザーボード(またはPC全体)を交換して
AGP接続のグラフィックカードを使わないと、根本解決にはならないです。
試したという2枚のグラフィックカードはいずれも低性能品で、
i845内蔵グラフィックよりは多少まし、程度でしかありません。

それと起動時にはＰＣＩ側に出力されているのにWindowsに切り替わるときに
オンボード側に出力が切り替わってしまうのです。
さらにドライバーをインストールして再起動後にPCI側をプライマリにしよう
とするとエラーが出てしまうのです。２枚とも同じです。
それとＰＣＩビデオカードを搭載する理由はマルチモニターにするためで
３Ｄ能力は必要ありません。まあ、言ってみれば映ればいいのです。

それなら初代Millenniumなど、VGA BIOSを無効にできるグラフィックカードを使って、
内蔵をプライマリ、そちらをセカンダリにするしかないでしょう。
それでも2画面目を有効にすると落ちるのなら、もうどうしようもないです。

しかし、マルチモニタにするならなおのこと、母体となるマシンを替えるべきです。
G450/550、MillenniumPシリーズのデュアルヘッド機能や
GeForceシリーズのnViewなど、1枚でマルチモニタができるグラフィックカードを
使うのがいちばん簡単で、実用上も安定した環境が得られます。

N2040ってチップセット845GLなんですよねえ。これって無印i810と同じくVGA切り離しが
出来なかったような。
　なおセカンダリVGAではdirectXが有効にならないんで3Dやるにはメリットがないと
思います。素直にM/B交換の方が安くつくのでは。

どうも、ＶＧＡを切り離せないようです。
もっとも私のマシンではないのですが。
３Ｄ能力を求めてのことではないので、とにかく映ればよかったのですが・・・。
それとｉ８１０も切り離せなかったです。