ブートセクタのデータが壊れていて、間違った容量を返しているという可能性もあるので、喜んでばかりはいられないでしょう。

スキャンディスク終了後、何かエラーが存在したのですか？
存在したのなら
たぶん、ディスクの空き容量などが記録されるFSInfoSectorが修復されたためだと思われます。
家のPC(V12、V16とも)FAT32でフォーマットされた領域はよくこのエラーが発生します。
ただし、修復されたからといってその空き容量が必ずしも正しいとは限らないので
注意してください。上手く修復されないこともありますので・・・

FSIは、Windows9xの終了時に書き直されるので、異常終了してしまった場合は正しくないが残ることはあると思います。もっとも「ディスクの容量」というのが、残り容量のことなのか全容量のことなのか不明なのでなんともコメントできませんが…。

言葉たらずで申し訳ありませんでした。
再度スキャンディスクを実行したところ、元の容量（残りの容量）に戻っていました。
まりもさんの言う通りブートセクタにデータ不良があったようです。
お騒がせしました。早速のレスいつも感謝しています。

　あ、残り容量の異常でしたら、まさにFAT32のFSIのデータ異常でしょう。SCANDISKをすると直ります。FAT32では、空き容量を毎回FATの全検索でチェックすると時間が掛かってしょうがないので、FSIという箇所に空き容量を一時記憶しています。Windows9xが異常終了すると、正しく書き直さないので、次回起動時にSCANDISKをしていない場合などに、誤った値を返します。このように、FSIについてはデータが壊れていてもとくに致命的な問題はありません。