もう一度環境を書いて頂いたら、フォローがつくかもしれません。。。
情報の開示をいたしてみられてはいかがでしょうか？

失礼しました。環境および症状を改めて書きます。
使用環境は、Xv13/R16 Windows98(not SE)で、SCSIボードはLHA-301です。
増設しているFDはNEC純正のファイルベイ増設用のもの、MOはメルコのMOS-E230（実はWindows98動作保証外らしい）です。以前はID=0にHDをつないでいたのですが
亡くなったので外しています。MOはデバイスマネージャには存在しているのですがメディアを読み込むと必ずハングします。切断および同期データの設定をどのように行っても同じです。また同時に増設FDがデバイスマネージャから消えてしまいました。
最近行ったことは、死んだSCSIハードディスクを外し、代わりにUIDE-98MにDJNA-352030を付けたことだけです（プライマリスレーブで増設）。

こん○○は、てつしさん。もう少し、情報が欲しいのですが宜しいでしょうか？Win95等の時はちゃんと動作していたと言う事でしょうか？（Win95では動作してた様に感じられますが、一応念のために）又、MOSE230のドライブメーカーなどは解りますでしょうか？ごく希に、ドライブとSCSIボードとの相性もあるようです。（今現在の物はないそうです。）後、外しているかもしれないのですが、SCSIボート？によってMOやZip等の「リムーバブル・ドライブ」を付ける時はその前にHDDヤCDROMなどが無いと不安定（もしくは認識出来ない）になった様な気がしたのですが・・・・。

補足です。
＞その前にHDDヤCDROMなどが無い・・・
その前にHDDやCDROM等のSCSI機器がないと・・・
に付け足ししておきます。（日本語が変かもしれないですね。）

MOS-E230と言うドライブが型落ちしているようでわかりませんが、
どこのドライブで内蔵／外付けのどちらで販売されていたものを、
どちらで使用されていますでしょうか。

＞プライマリスレーブで増設

プライマリのマスターには何が・・・。

ちょっと遅い気もしますが、個人的な経験談を書かせていただきます。
(1)MOについて
以前PC-9801-92(SCSI)ボードを使っており、このボードを使うにはSCSI IDのルール
を知らないとうまく動かないことがありました。
a)接続する順番は、HDD,PD,MO,CD-ROMの順。CD-ROMは必ず最後でなければならない
b)MO一台だけ増設する場合は、ID番号を0にしなければ認識されないことがある
c)MO,CD-ROMを増設する場合は、ID番号は連番にしなければ認識されないことがある
この場合の接続する順番とは、物理的な順番ではなく、SCSI IDの番号順のことです。
上のSCIS IDのルールとは経験談であり、SCSIの決まり事ではないと思います。
個人的な意見として、SCSI HDDを外す前はOKだったのは、単なる偶然のような気もします。

(2)増設FDDについて
二つのことが考えられます。
a)Win95/98上でネットワークドライブを除いた場合、物理的なドライブ数が８台以上
認識しないことがありました。この８台はアクティブ可能なHDDのルールとは別物の
ようです。物理的なドライブ数（パーティション切含む）を確認してみてはどうで
しょうか。
自分は、DOS上では問題なかったので、Win95/98の制限事項だろうと思い、今はあきら
めています。
b)物理的な故障の可能性
次の事を確認してみてください。
aa)増設FDDケーブの向きと接続方法、上下間違っていないかなど
bb)増設FDDに認識しているFDDのケーブルを取り付けて動作するか確認する。
増設FDは二台目の設定になっているので、ドライブアサインはおかしいかもしれ
ませんが、この方法でFDDケーブルかFDD自身に問題があるか判別できると思います。
ご参考になれば幸いですが、ゴミレスでしたら申し訳ありません。