ＨＤＤのフォーマットは、それほど重要じゃあリません。
問題は、使用環境でしょう。

詳しいことはよくわからないんですが、
FAT16もFAT32もそんなに変わらないんだったら
デフラグが速いFAT16にするってのはどうでしょう。

FAT32のメリットは、小さいファイルをたくさん入れてもロスが少ないことです。
CD-Rのテンポラリのような巨大なファイルを入れるなら、FAT16の方が効率いいです。

レスありがとうございます。
イメージを作るには、ＦＡＴ１６の方がよさそうですね。
ファイルから直接書き込むならＦＡＴ３２の方が良いかもしれませんね。
デフラグの時間は完全パーティションを切ってしまうので、そんなに気にしていません。
全部消してしまえば、デフラグが完了しているのと変わらないと思いますので。