外付けHDDの長さは問題ないでしょうか？ケーブルが長かったり品質が悪かったりするとその様な事が起こる事があると聞いた事がありますが。SCSI機器はどれ位お持ちなのでしょうか？又、その症状は元のCPUにしても起こりますか？まさかと思うのですが、LHA301とPKK6HX400/98と相性が悪い可能性もあり得るかも。一応、もう少し情報を出してみては如何でしょうか？

LHAに接続しているHDは
Logitec SHD-U6.4E、ICM RX-1000、Logitec SHD-BA1000の3台です。
ケーブルはHi-インピーダンスの0.5mでターミネーターも同様です。
又、Win95の時は不具合の発生はありませんでした。
あと、書き忘れましたが、
UIDE-98M（PM DTTA-350640、PS DTTA-651010、SM PD-1、SS 無）も使用しています。

なるほど、LHA301はただのSCSI2ですから一応ケーブル長の問題では無さそうですね。そうなるとCPUアクセラとUIDE98が怪しそうですね。まず、元のCPUで動作チェツクをしてみては如何でしょうか？それで問題が起こらなければ、アクセラレーターが１つの要因になっている可能性もあります。Win95の時は問題なかったようですが、K6-3を実装していましたか？していても問題なかったとすれば今の現象は他に理由が有るとも考えられます。そうなると、素の状態にして１つずつ確認しないといけないかもしれないですね。（大変ですが。）後、過去ログとうにも似た症状が上がっているかもしれません。探索してみるのもいいですね。後、更に知識をお持ちな方の投稿を待つしかないかもしれませんね。一応、先の方法〔CPUを戻してみる〕を試してみるのが良いと思います。

役に立たない情報かもしれませんが、
私はXa10にPK-K6HX400/98,WGP-FX16N,SC98III,Logitec SHD-U6.4EでUIDE-98Mも使用しており、金さんと類似した機器構成です・・・
Logitec SHD-U6.4Eに付属しているLogitecWaveというCDの中に「ディスクフォーマッタ」というユーティリティが有ります、一度これで初期化してみてはどうでしょうか？
SHD-U6.4Eの中身のドライブは実はIDEで、IO-DATAのOEMと思われるIDE-SCSI変換アダプタが内臓されております、
これがちょっとクセのあるものみたいで、普通にFDISKして初期化した場合、パフォーマンスが非常に悪く(HD-BENCHでR,Wとも約400Kbyte/Sec)、ロジテックのフォーマッタでやってみたところ通常なパフォーマンス(HD-BENCHでR,Wとも約3000Kbyte/Sec)になりました。
理由はよくわからないのですが・・・

WGZCさん、ミニーさん有り難うございます。
＞Win95の時は問題なかったようですが、K6-3を実装していましたか？
0S以外は同じでしたが、当時は正常でした。
＞LogitecWaveというCDの中に「ディスクフォーマッタ」というユーティリティ
DOS、Win98、ディスクフォーマッタ全てで初期化とフォーマットを試しました改善されません。
実は私もWin98SE導入時に、SC98ⅢをRSA98Ⅲ/Sのサブボードとして取り付けましたが、
この時は各設定に誤りが無いにもかかわらずデバイスマネージャの？マークが取れず、
メーカーとアレコレ試した結果、返品しかないと言われ、既設（Win95で使用）のLHAに戻した
次第です。
ノートンユーティリティのディスクドクターで復帰するというのが気になりますが？
（Win98SE標準のエラーチェックではダメな場合が多い）

>0S以外は同じでしたが、当時は正常でした。
と言う事は当時は問題なくk6-3を使用しながらLHA301が使用出来たって事ですね。うーん、原因が判らなくなってきました。（と言うより私の知識が足りないせいです。申し訳ない。）因みにWIN98SEをINSTする時不具合が出たようですがBIOSの初期化など試みましたでしょうか？PCがボードの情報を覚えていて、それによってボードが旨く動かないと言う事が有ったような気がしたのですが。（過去ログに出てるかもしれませんね。）まあ、SC983の時の話の事ですから今の現象とは関係無いかもしれませんね。
後、常駐ソフトが邪魔しているというのは考えられないかな？まず、使用している常駐ソフトがWIN98に対応しているかどうか、その常駐ソフトがシステム部分に深く関係しているかが分かれ目になるかもしれませんね。無論、この指摘が外れている可能性もありですが・・・。

＞BIOSの初期化
これって、LHAのROM BIOSのことですか？
ROM BIOSの初期化はしておりませんが、Verはたしか1.07の最新だと思います。
WIN98SEのINST時はLHAは接続せず、後でP$P接続しました。

私の書き込みが悪かったようです。PC98のBIOSの初期化です。良く、過去ログを見ると出てくるのでSC983の不具合を治すのには使用出来るかなと思いましたので。又、PC98で度々出てくるPCIセットアップDISKもこの場合は使用出来たかなと思います。私は使用した事が数回しかないのですが。後、PCISETUPDISKをご用意してみるのも良いかもしれません。ＣバスのＰｎｐは完全ではないですからPCISETUPを使用してＣバスの使用するところを固定したりするのに使用出来るはずです。このユーティリティーの使用の仕方は、余り解らないのですが最近の投稿で出ていたような気がします。申し訳ないですが、そこら辺は過去ログなどを探すしかないかもしれません。金さんを混乱させたようで申し訳ないです。

WGZCさん、有り難うございます。
＞PC98のBIOSの初期化って、起動時にHELPキー押して出てくる例のNEC？BIOSを
出荷時に戻す事ですね。
とりあえず、これを行いましたが、最初はダメでした。
しかし、16MBシステム空間と内蔵固定ディスクを切り離して、さらにDMAクロックを高速に設定し直し
再起動すると、問題の症状は起こらなくなりました。
今後再発に注意しますが、10回位再起動しましたが、とりあえず正常のようです。
ほんとに、有り難うございます。
こんなところに解決の糸口があるなんて、思いもつきませんでした。
でも、どうして？今後の勉強の為に、教えてくれませんか？

うーん、そっちの初期化と設定変更で治るとは・・考えてなかったです。初期化はもう一つあって「キ-ボートの幾つかのキーと合わせると本体のbiosを完全初期化」してくれると言う事だったと思うので本体に残ってしまった設定も白紙になるのと思います。
で、そちらの方を弄って治ったというのは、恐らくシステム設定が残っていたので邪魔をしていたと言う処だと思います。UIDE98Ｍをお持ちのようですから本来ですと内蔵IDEは切り離すはずです。DMAの方は互換でも高速でも問題ないのではないかと推測します。只、再SETUPするとき１６MBの空間はの設定は注意が必要です。そこは初期設定で「使用する」となっています。WINが生きてる状態ならそこを切り離しても問題ないと思います。再SETUPの時は「使用する」に戻した方が良いです。切り離していると、失敗しますから。
一応、今の状態で安定しているなら無理に戻さなくても大丈夫です。IDEは切り離したままで問題ないはずです。何はともあれ解決したのは良いことです。

いろいろと有り難うございます。
＞何はともあれ解決したのは良いことです。
正しく、そう感じています。でも、各設定はもとのままで、
異なるのは、出荷時に戻してから再設定しただけですが？
どうも不思議です。この辺がパーソナルな所以でしょうか？

やはりOSが異なるから何じゃないですかね。それとIDEの切り離しをしてなかったので、WIN98だと表面上は問題なくてもWINASPIとかUIDEとかに影響していたんだと思いますよ。他の部分も関係していたかは判りませんが、駄目元になったら初心に戻ってみるのも良いと思います。

＞WGZCさん
いろいろ有り難う。
おかげさまで、現在は正常です。これからもよろしくお願いします。