AT互換機の場合は、今となってはSCSIのHDDを使うメリットはあまりありません。強いて言えばCPUの負荷が多少すくないことぐらいです。
PC-98の場合内蔵IDEは遅いので、価格を取るならIDE、スピードを取るならSCSIということになります。
もちろんIDEインターフェースを増設して、価格とスピードを両立させることも可能なのですが、PC-98では拡張スロットが少ない機種が多いため、この方法を選択すると逆に大きなデメリットとなることもあります。
Xv13には、大きく分けて/Wと/Rの2種類がありますが、/WならばPCIスロットが3つあるのでIDEでもいいでしょう。

　内蔵のIDEよりも、SCSIのほうがインターフェイスカードが高速ですので、速度を少しでも上げたいＯＳ、アプリをSCSIに、どうでもよいのをIDEにするのがよいと思います。ＯＳとアプリとを同じドライブに入れなければならないという制約は普通ありませんし。

SCSI ドライブに余裕があるなら、
　　SCSI：全て　／　IDE：データのバックアップ
とかでもいいのでは。

　僕個人の環境で恐縮なのですが、UltraSCSIなHDDにOS（Win98、MS-DOS6.20）とHDDを頻繁にアクセスするアプリ（まあほとんどのアプリはSCSIに入れているのですが）、内蔵IDEのHDDはダウンロードしたファイル、MP3ファイル・ゲームのセーブファイルのバックアップなどのデータもろもろ、Lhasaの展開先、一度動作すればHDDにほとんどアクセスしないアプリ（細々したアプリが主体です）、という感じで使い分けています。まあ、簡単に言えば、HDDの速度が要求されるものはSCSIに入れて、遅くてもかまわないようなものはIDEに入れているという感じです。

　私もYUさんが提案したのと同じ使い方になっています。IDEはリムーバブル籠に入れてファイルベイに。それにしてもSCSIがメインな人は、内蔵IDEは「ゴミ箱」的使い方をしているものなんですね(^^;。
　なおUIDE-98接続となると話は別です。下手なSCSIより、転送速度だけ見れば上ですから。

私も両方つないでますが、容量その他の問題から起動やアプリ・ゲームはIDEに
入っています。
SCSIはスワップファイルを入れていますが、これだと転送の負荷が分散できて
効率がいいようです。

ＳＣＳＩには、Ｗｉｎｄｏｗｓ９５をいれてＩＤＥには、ＤＯＳ６．２０とＷｉｎ３．１をいています。ＩＤＥのＯＳ・ドライブともにほとんど使わないんですが、ＤＯＳのゲームをするときには、外付けＳＣＳＩドライブの電源を切って使えば、かなり静かになるので、こういう入れ方にしました。

メインの９８はUW-SCSI単独ですが，サブのＡＴは両方積んでいます。
U-ATA33は普通にソフトや，データを保存しています。UW-SCSIは，
ビデオ編集で使うだけです。HDBENCHではATAPIもSCSIも，そんなに
差がないように思います。

ＲＶ２２６を使っているのですが、今オンボードＳＣＳＩバイオスをとばして
ＩＯデータのＳＣ−Ｕ２ＰＣＩを使おうとやっています。ＣＰＵ増設済みメモ
リー２５６メガです。ＷＩＮ２０００を入れてどうかな。

>ＷＩＮ２０００を入れてどうかな。
オンボードの方にもHDが付いていてそれも利用する場合、WIN2000を入れるときに
SCSIボードのドライバを認識させる順序に注意しないとおそらくSC-U2PCI上のHD
のドライブレターが意図しないであろう順番（Ｇドライブ起動とか）になってし
まいますのでお気をつけください。

Ｘｖ２０を使っていますが
内蔵ＩＤＥドライブ３ＧＢ(２Ｇ＋１ＧＢ)にＤＯＳ６．２＋Ｗｉｎ３．１環境を
増設したＳＣＳＩドライブ９ＧＢ(２ＧＢ+３ＧＢ+４ＧＢ)にＷｉｎ９ｘ環境を(／ＡＴセットアップ)入れて
Ｗｉｎ９ｘ利用時にはセットアップメニューから[内蔵ハードディスク]を[切り放す]で使ってます。
# Ｗｉｎ９ｘは勝手にRecycleフォルダ掘ってくれるので(;^^)

PC-98でオンボードIDEは遅いというのは有名ですが、Windowsの起動だけは速いです。
転送コマンドがシンプルなので、小さいファイルの読み出しはSCSIよりもむしろ速いようです。
Cu10でSC-UPCINB+DPES-31080(1GB)で45秒だったWin95の起動時間が
オンボードIDEにQuantumのFireball SE4.3AT(4.3GB)をつなぐと40秒になりました。
このCu10はTV専用機として考えているのでかなりありがたいです。
HDBENCHのRead/Writeは逆に4000から3100に悪くなりましたが・・・