>ＤＯＳ／Ｖ用４０ｐｉｎのＩＤＥケーブル（マスター・スレーブの機器が接続が出来る）を使いました。
40Pinのケーブルとのことですが、ATA/66以降用の80芯ケーブルのものではないでしょうか。

PC-9821シリーズ/DOS FELLOWの内蔵IDEのコネクタに80芯ケーブルのものをつなぐと動作がおかしくなるという話です。
さらに機種によってはATA/33までの40芯の40Pinケーブルではなく、インピーダンス？の違う実質専用のものを使わないと動作がおかしくなるものもあるようです。

PC-9821Asの世代はインピーダンス？のほうの問題も出る可能性が高いはずなので、ケースの本来のケーブルを使ってください。

というかHDDをIDE籠に固定できないほうがよく分からないのです。
ねじ穴が現在も使われている3.5インチHDDの一般的な位置になる前の世代のものもあったように思いますが
それに該当するのはSCSI籠だけでIDE籠は該当品はほぼないはずです。

続けての回答ありがとうございます。
＞HDDをIDE籠に固定できないほうがよく分からないのです　ＩＤＥ籠の基盤とＨＤＤを繋ぐＩＤＥケーブルの所でＨＤＤにＩＤＥケーブルを刺すとＨＤＤのピンとケーブルの穴がピッタリ合わなくてすぐに抜けてしまう（ゆるゆる状態）のです。ＩＤＥケーブルですがＡＴＡ３３のケーブルです。あと、元々のＩＤＥ籠ケーブルでＡＳに装着した状態でもＨＤＤランプが点いたままでした。ＩＤＥ籠に不具合があるとしたら手持ちのテスターと半田ごてで修理出来るでしょうか？マザーボードのコンデンサーなら換装した事があります。

IDE籠の基板には何種類かのパーツが載っていますが、特に壊れるようなものもないと思いますので、まずはケーブルとその接続を疑うべきでしょう（基板のエッジコネクタに異変があるというのなら別ですが）。

他のIDEケーブルならそのHDDのコネクタにかっちり刺さるというのであれば、"ＩＤＥ籠の基盤とＨＤＤを繋ぐＩＤＥケーブル" （5cmくらいのものなはずです）のHDD側メスコネクタがガバガバになっているということでしょうから、そのケーブルをしかるべき別物に取り替えればよいのではないでしょうか。
あるいはそのガバガバなコネクタの手前にきちんとした40ピンコネクタを圧着して、そちらにHDDを接続するとか。

総額7600円 さん　回答ありがとうございます。教えていただいた件、確認してみます。

ケーブルコネクタ作成はうまく出来ましたがＨＤＤを認識しません。Ｒａ４３に繋いだときに容量が６８ＧＢとなっていたのでＩＤＥ籠の問題というよりＨＤＤに問題があると思われます。フォーマット後の現時点ではＡＴ機で５００ＭＢと正しく認識しています。ＡＴ機で読めて９８で読めない理由が分かりません。ヤフオクでも５００ＭＢ前後のＨＤＤは高価なので現時点でまた買う気はないです。以上、ご報告まで。

HDD自体との相性でしょうかね、残念。
昔は結構こういうことが起こったようです。

別に作業用マシンが必要になりますが、HGST FEATURE TOOLとかk.takata氏のICCとかを使って
およそ30GB以上のHDDの容量を500MB程度に書き換えてしまうという手もあります。
内容的にはマニアックス向けなのでここでは書きませんが、調べてみることをお勧めします。

774 さん　回答ありがとうございます。FeatureToolなら大昔に使ったことがあります。当時、ＨＤＤメーカーのサポートと話をしてダウンロード提供されました。何種類か機能があったのと容量を変更出来ることは覚えていますが再度挑戦してみたいと思います。外付けでＳＣＳＩ以外のＨＤＤなら何でも繋げられるアタッチメントがあるのでＲａ４３を作業に使ってみるつもりです。

すでに試されているかもしれませんが。

> 外付けでＳＣＳＩ以外のＨＤＤなら何でも繋げられるアタッチメントがあるのでＲａ４３を作業に使ってみるつもりです。

(1) HGST FEATURE TOOLはAT互換機用のツールです。
IBM DOSとセットになったディスクイメージとそれを書き込むツールが一体になった状態で配布されているため
別途AT互換機でフロッピーの読み書きできる環境が必要です。
それと名前の通り、容量の変更等が可能なのは旧IBM製と旧日立製を含むHGST製のHDDのみです。

k.takata氏のICCは、AT互換機とPC-9821シリーズ両対応のDOS用ソフトで
こちらにはメーカー制限はないので、HDD側が対応していればどこのメーカーのHDD相手でも容量変更の操作ができます。

(2) 外付けでとのことですが、BIOSレベルで認識されない(＝DOS上からアクセスできない)ドライブに対しては
どちらのソフトも操作ができません。

基本的に作業用に使えるマシンのオンボードIDE/ATAコネクタに、容量の変更をしたいHDDを直截つなぐ必要があります。
事故防止のためにも、他のHDD類はすべて接続を切り離した状態で作業を行うことをお勧めします。

ICCの場合は(オンボードIDEに繋ぐ限りは)BIOS認識の必要は無く、
直接ハードウエアにアクセスするソフトだと思いました。
# でないと4.3GB以上のHDDを繋ぐだけでDOSが起動しないような機種では
# 起動後に後付けで繋ぐくらいしか方法がありませんので・・・。

Ra43をICCの作業に使うなら起動しないということは(多分)無いと思います。

もっとも個人的な経験では、AT互換機用の起動セクタのデータ状態によっては
PC-98ではどのドライブからもDOSが起動できなくなるというケースもごく稀にありましたが・・・。
# DOSは起動時に認識したすべてのドライブにアクセスを試みるため、
# 恐らく偶然中途半端に認識可能な状態だったために矛盾が起きたのだと予想します。

774 さん　KAZZEZ さん　返信ありがとうございます。

＞HGST FEATURE TOOLはAT互換機用のツールです。
思い出しました。
ＩＢＭのＨＤＤデスクターの件でＩＢＭに問い合わせた時丁度ＩＢＭ製のデクスターが日立サポートに切り替わるタイミングでした。
ＡＴ機も所有していますが、ICC の使用も検討してみます。