Mate-AのFD1138T（またはFD1148T）をバリュースター等のFD1231T（およびその互換品）の代わりに使用することは可能です。
しかしそのためにはケーブルを自作する必要があります。Mate-Aとバリュースター等では，FDDのピン数もマザーボードのFDDケーブル接続用コネクタのピン数も異なるためです。ケーブルを自作する場合，下記をご参照下さい：
HAMLIN's PAGE　http://members.ld.infoseek.co.jp/hamlin/
--> FDD関係 --> 26pinFDDを34pinM/Bで使用するための特殊ケーブル
なおこの場合，バリュースター側のフロントマスクのFDD開口部にも加工が必要です。
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元々使用されているものと異なるFDDを接続するためのケーブルについて調べたことがありますので，ついでに宣伝を（汗：
http://ematei.hp.infoseek.co.jp/kenkyu/fdd_conv.htm

すでに回答が出ていますが、(理論上は)ケーブルを作れば使えなくもないことはない、というのが答えですね。
＃ドライブの厚みが異なるので、逆は困難なのですが。

ただし、A-mateなどに使われているFDDのほうが、経年劣化で壊れやすい部分があり
入手しても壊れていてそのままでは使えないことが多いので、個人的にはお勧めしません。
＃直るかどうかも個体差・状態差が激しい上に、半田ごてを使う必要があるので、作業は面倒です。

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FDDが読み書き不良の場合、動作時に異音を発したり、メディアが削れたりするのでなければ
市販されているFDD用のクリーニングディスクを使ってみることをお勧めします。

ヘッドの汚れが原因で読み書きできなくなっている場合も多いので、思いのほかに復活しますよ。

お返事が遅れて申し訳ありません。
何故かアクセス制限にひっかかって見れなかったためお礼が書き込めませんでした。

大変参考になるサイトのご紹介ありがとうございました。
26pinから34pin変換ケーブルを自分で作るのは無理そうなので、市販の反転ケーブルを中古で入手し同型のFDを積んで2ドライブ化することにします。

バリュースター等のFDDでは，2台目のFDDの1・3番信号ラインが1台目のFDDと逆になっていますのでご注意下さい：
http://members.ld.infoseek.co.jp/hamlin/FDD/FDDCABLE/FDDADDXA.pdf
http://ematei.hp.infoseek.co.jp/kenkyu/pc98in5fdc/fd1231t2c.gif