よく見落とす点として、UPDFL98を使うのであれば、
3112.binを680.binにファイル名変更する必要があったかと思います。

この、書き込み済みのSiI3112/SiI3512ボードを若い方のPCIスロットに差せば、
AT互換機用のVGA-BIOSは無視されるようになるかもしれません。

VGAのBIOSの書き換えですが
http://www2b.biglobe.ne.jp/~tajiri/dorcom/win2k/biosmodify.html
こちらのURL通りにやればわかると思いますが少々補足を

(1)コードタイプを変更する
00-03h [4]シグネチャ("PCIR")
ですが、先頭にあるわけではないのでバイナリエディタなどで'PCIR'をさがして、そこから起点に書き換えるということです

これはPC/AT互換機でやった方がいいと思います
MS-DOS起動用DISCで起動をしてFlash.exeなどでまずBIOSを全部保存する
(私の場合は)WindowsのバイナリエディタでPCIRを探して書き換える
MS-DOSで起動して書き換えたBIOSイメージを書き込む

で、起動阻害はしなくなると思います
ATiのVGAはBIOSを参照をしてDriverを読み出す場合があるのでBIOSを強制的に出すようなソフトウェアが必要になる場合があります

本題から外れますが。

＞手取り足取り詳しく教えてください
そういう状態の方は、手を出すべきではないと思います。＞非公式BIOS

今のところ、ボードの設計や、本体とボードの相性によると思われる問題以外は発生していないとはいえ
十分に検証されておらずどんな問題が起こるかわからない「人柱仕様」だと明言されている
トラブルが発生しても自分で解決させる気がある人向けのものですので。

＞ATI RADEON X1300 のATBIOSの止め方
仮に書き換えたとしても、ATIのWindows用ドライバはVGA BIOSを再出現させないと動作しないようなので
それに関するツールを組み込むことも必要になると思われます。

手取り足取りってことなので．．．まずは書き込む掲示板間違えてますよ〜

S-ATAのbiosの書き方はそれほど難しくないと思いますけど、たとえば、どこのページとか何か参考にしたドキュメントがあって、それのどのあたりの手順から、どう解らなくなったとかかかれた方が良いと思いますよ。　一通り全部説明となったら、コメントつける方も大変なので時間無くていろいろ知っていてもレスできない人もいるでしょうしね(^_^;

ここにコメントくださいました皆様　本当に有難うございます。
また失礼な書き込みすいませんでした。
おかげでBIOSの書き込み、グラボのVGABIOS止めが出来ました。
本当に感謝しております。
ここに書き込んで色々勉強になりました。
有難うございます。