分解組み立てに自信がある場合ですが

まず、PC-9801M2の内蔵バッテリの寿命を考慮されて
内蔵バッテリの端子に整流ダイオードで逆流防止等安全確保を行い外部よりバッテリと同電圧を
印加してPC-9801M2の電源の入りきりを行った場合の動作確認をされることをおすすめします
（電気、電子回路に不案内の場合にはおすすめできませんが）

上記条件で「メモリスイッチの初期化」に設定して電源の入りきり（リセット）を行い
再度、「メモリスイッチが保持」等ディップスイッチの再設定を行い
安定動作が確認できるようでしたらバッテリの寿命が推測されますが
（この場合には内蔵バッテリの交換でたぶん復旧するでしょう）
（当方、無印で実施済み）

なお、それでも動作不安定の場合にはほかの部分の故障劣化が考えられますので
PC-9801M2はパーツ取りになるかと思います

また、PC-9801M2の内蔵FDDをVM2に移植の件ですが

PC-9801M2に内蔵されているFDDの型式が当方ではわからないために
以下は推測での記述になります

PC-9801VM2の内蔵FDDはNEC製FD1155Cであることがネット検索で確認できます
そして、PC-9801M2の内蔵FDDがNEC製FD1155Cであればそのままの置き換えで
たぶん、移植ができると思います
（ただ、場合によりドライブセレクトの設定だけは必要になるでしょう）

また、PC-9801M2の内蔵FDDがNEC製FD1155DであればFDD内蔵VFOの無効の設定を行うことにより
他のジャンパ設定は変更せずに移植することができるかもしれません。
（この場合でも、M2でAドライブをVM2でBドライブに移植する場合にはドライブセレクト設定変更は
　必要になります。B->Aの場合も）

で、PC-9801M2の内蔵FDDが上記以外の場合ですとその内蔵されているドライブにより
いろいろ変わってきますので現状ではわかりません。

ご参考までに

なお、google等で　FD1155DもしくはFD1155Cで検索されることをおすすめします
ジャンパ設定が出てきます

老婆心ながら、移植作業を行う場合にはオリジナルのジャンパ設定などをメモしておきましょう

１点書き忘れましたが、PC-9801M2の内蔵FDDがFD1155C/Dの場合で、
これをPC-9801VM2に移植する場合には２HD/2DDの切り替えの部分で
ジャンパ設定が必要になるでしょう。
#まずは、PC-9801M2に内蔵されているFDDの型番が必要です

MのFDDはCもDもつかない"FD1155"ではないでしょうか。時代的にVFOのないタイプではないかと思いますが，現物が手元にないので・・・

MのFDDをはずした所、ドライブ1がFD1155C、ドライブ2がFD1155でどちらもVFOの無いタイプでした。
ドライブ2のFD1155にはターミネータが付いていましたが、DXのジャンパーとターミネータの移植で1と2の交換もできそうなのでとりあえず交換してみます。
ありがとうございました。

SSW さまへ、出来ましたら、
後学のためにPC-9801M2の内蔵FDD
　FD1155無印　と　FD1155C　のジャンパ設定をお教え願えれば幸いです。