新品がまだかえますよ。NECフィールディングの窓口で注文できます。保守部品扱いですが一般でも企業でも購入できます。東京だと立川にあります。

PC-9800用5インチFDDは、内部のカバーを取り付けてあるスポンジの劣化でカバーが脱落するという不具合が有名ですので
FD511Dの調子が悪いのはそのためかもしれません。

またFD321DHは98用FD1231Tのフロントベゼルありのものが使われているようですが、
98用/AT用とも1231Tはフロントベゼルが無いものが多く出回っています。

＃FD1231Tの98用/AT用の判別ですが、コネクタ部のそばにあるジャンパーパターンにピンが植えられているかどうかでほぼ判別できます。
＃　ピンが植えられている->98用
＃　ピンが植えられていない->AT用

とくにFD1231Tにはロットによってフロント周りの構造が違うため
フロントベゼル無しのFD1231Tへフロントベゼルを移植できる場合と出来ない場合があります。
（移植できるロットの情報はログにあると思います。探してみて下さい）

＃まあ、一部の特殊なマウンタが入手できればフロントベゼル無しでも問題ないのですが、、、

98用FDDの互換性情報は「HAMLIN's PAGE」のFDD関連などが詳しいです。

FD511D=FD1158Dのスポンジ除去法は
1.アルミのカバーを外す、変形しやすいので注意
2.LEDに行く端子を外す
3.LED部と同じネジ4本を外す(1本はヘット移動モータ固定ネジ2本の前に有り)
4.アルコールを湿らせスポンジ除去(両面テ−プ)、2箇所
5.綿棒でヘット掃除 6.逆の順番で組立、ヘット爪が金具の上に来るように
FD1155C&Dだと外さずに綿棒で除去可能です

電解コンデンサーの劣化で不安定にも有ります
目安：リードが腐食.液漏れ.膨張
1.フィルムケーブル＆端子を外し
2.基板固定のネジ3本外し、基板をヘット回転モータ側に倒し確認
3.注意点はケーブルを傷めない様に
※部品の入手と自分で作業が出来るかです
エマティさんの研究発表掲示板に報告済みですので参照下さい
※代替FDは、P/Nの番号の-008-(FD1158C)確認して下さい
3.5FDDやFD1158はJPが無くDOS/V用は転用不可ですので

レスありがとうございます。
電気系の扱いが得意ではないので、
まだ新品も入手できるとのことに意を強くして、
いろいろ調べて、サポートをしてくれそうな中古部品を見つけました。
あるもんですね。
あと不調の５インチも見てみます。
できるかどうか不安ですが・・・

訂正：
FD511D（FD1158D）にはシールドカバーは無いそうです。
ですが、内部に使われているスポンジが劣化する問題はあるそうです。

ミニタワー機で3.5インチFDDをスマートに実装するには、下記を用意します。
1.PC-9821Xa7以降用のFDDで、Citizen製のOSD-E26JかSONY製のMPF520-F/D10を1台
2.PC/AT互換機用のベゼル付FDDで、Citizen製のOSD-E04JかSONY製のMPF920-5/133を1台
3.3.5インチ−5インチマウンタ
2.のFDDからベゼルを外し、1.のFDDに取付、それをマウンタに取り付けた後、PC-9821の５インチベイに取り付けます。
PC-9821で使用可能なFDDの形式については、下記をご覧下さい。http://members.ld.infoseek.co.jp/hamlin/FDD/FDDLIST/98FDS.htm

亀過ぎですが、参考まで
FD1158のスポンジ画像をエマティさんの研究発表会用掲示板にUPしました