水平周波数の切り替えですが，[GRPH]+[4]（フルキーの4，テンキーの4は不可），[GRPH]+[f・2]というのもあるようです．いずれもキーを押しながら電源ONあるいはリセットです．過去ログによるとCx2では前者で水平31.5kHz出力となるようです．ただ，Cr13では24.8kHz固定らしいので，Cx3もそうであれば，vectorのメイトコントローラー
http://www.vector.co.jp/soft/dos/hardware/se004507.html
あたりを使うことになります．

訂正：Cr13 --> Cx13

Cx3 は起動時に水平 31kHz 切り替えはできません。総額7600円さんがすでにお書きの、31kHz に変更するソフトを AUTOEXEC.BAT で実行すれば DOS 画面や Windows 起動ロゴは表示させることができます。
しかしシステムセットアップメニューなどは表示できないため、いざというとき困るかもしれません。

# Cx3 だけのために新品で水平 24kHz 対応モニタを買った・・・(^^;

ナナオの液晶ディスプレイのエントリーモデルは、たいてい２４Ｋｈｚに対応しているので便利です。

なるべく安くすませたいのであれば、ハードオフ等でPC98対応のディスプレイを購入することをオススメします。
もちろん保証などはないですが、1000円くらいの出費ですみます。

イイヤマの液晶も、結構対応してますが、拡大モードでしか映らないのが難点ですな。
中古屋にある９８モニターの欠点としては、使い古し度が高いため、光度／照度が低下していることが多いことでしょか（＾＾；

>拡大モードでしか映らない
イイヤマのAU5131DTですと、
640x400でも縦横比を維持したまま拡大表示してくれるので重宝してます。
http://www.griffonworks.homeip.net/dorlog/2nddorcom/pc-98/thread45030.html

DOSでゲームをするのであれば、PC98出力は24kHzのまま使いたいというのが本音ですね。
31kHzにすると、画面表示がおかしくなるソフトがありますので・・・
液晶だと拡大表示の問題もあるので、私はNANAOのErgoverter98でPC9801DAの出力24kHzを31kHzへ変換して普通のDOS/V用ディスプレイにつなげてます。
ただしErgoverterはもう生産してないしですし、他社製アップスキャンも結構な金額がかかるというのがネックです。

私も長いことCeを使っていたので同様の問題に悩まされました。

起動後にコマンドラインから31KHzに切替えるフリーソフトを使う場合、
CONFIG.SYS内で実行型ファイルを実行できるツールを併用することで、
AUTOEXECよりもちょっとだけ早く切り替えできました。
といってもCONFIGメッセージを確認できるだけですが。

ところで24KHz/31KHzの切り替え方ですが、フリーソフトを
調べてみると、どうもINT18Hのファンクション30/31Hを使っているので、
ROM内やIPLware(まりも様作成)でも実行できそうでした。

とりあえず、IPLware版なら簡単にできそうですので、
アセンブラのプログラムできる方なら試してはどうでしょうか。
参考までに・・・
http://www.h3.dion.ne.jp/~midoriya/user/kazzez/program.htm

ただ、IPL内で実行できても、利点はHDD起動メニューが見える
だけで、セットアップメニューは見えないのですが。(^^;)
あと他のIPLwareも見えるようになりますが。もちろん
NT/2Kなどをお使いならそれにも使えるかも知れません(未確認)。

（過去ログ対策のため修正）