お約束ですが、そのようなＨＤＤは素直に廃棄した方が良いかと思います。
しかし、そんなＨＤＤを使い続ける自分もいるわけで（ォィ
何があっても自己責任でお願いいたします。

不良セクタのあるＨＤＤを無理矢理使うときには、できれば不良セクタ以降の領域は
使用しない方がいいような気がします。（←根拠はない）
ということで、自分がやるときは不良セクタがどこら辺にあるのかまずを覚えておき、
その手前まで領域確保して、それ以降のセクタは使用しないことにしています。
確保した領域の最終セクタと不良セクタの間には、できるだけ距離をおくように心がけています。
（＝ケチってギリギリまで容量確保しない）

「パーティションを区切って不良セクタのあるパーティションをスリープにする」で
可能です。ただ、不良セクタがＨＤＤ全体に散らばっていると厳しいでしょう。
当方では、不良セクタがある３つのパーティションをスリープにしたＨＤＤが
３年ほど順調に動作しています。しかし、さすがに大事なデータは置けません（笑）。

（追記）
こうやって領域確保したＨＤＤも、ＯＳのインストール時に不良セクタが増殖してしまい
使用不可能になっていくということを経験しています。
逆に、メインの環境に投入して約２年間トラブル無く使用できてしまうこともあります。

み〜さん さんのＨＤＤが今後どうなるかはわかりませんも、くれぐれも取り扱いには
ご注意ください。

レスありがとうございます。
データドライブに使うだけなので何とかなりそうです。
ありがとうございました。

>データドライブに使うだけなので
いや、データドライブにこそ、最も信頼のおけるドライブ（またはメディア）を充てるべきでは？

HDによっては、PC98ではできないと思いますが、low level formatするのも一つの手ではあるかと思います。
たまたま、互換機上ですがIBMのディスクが不調になり、IBMのツールを使ってHDを復活させました。Windows上からは、いまのところまともに使えています。
ただ、これをデータディスクにするのは心配です。ZJIさんも指摘してますが、ユーザデータこそこの世に２つとない大事なものです。OSとか市販のアプリケーションであればもう一度インストールすればすみますが、データはそういうわけにいきませんよね。
＃テンポラリのスクラッチデータだったら別か？

今までの経験上、一度不良セクタが出始めると、その後、次々と不良セクタが増殖してゆきます。
ですから、そのようなＨＤＤは使うのをやめるべきです。