＞ＰＣＩバスがいっぱい
それではUSBボードを挿す場所もないのでは？。すでにUSBボードを入れているのであれば、まあ使えるでしょう。ですが USB1.1ですので、内蔵IDEよりもディスク転送速度は更に遅くなります…。

Xa12にUSBコネクタを既に増設していて、USB接続でIDE-HDDを使いたいのなら
恐らく使えるでしょうね。
文面を見ると何か勘違いをしていそうにも思えますが。

＞何か勘違いをしていそう
私もそんな予感がしました（汗。内蔵IDEインターフェイスをUSBにするという、逆変換を想定してらっしゃるのではないかと。であれば不可です。

そもそもUSBのレセプタクルにわざわざAとBの区別があるのは、
こういう混乱を避けるためのはずですよね(苦笑)

買って本体のＩＤＥポートに繋いでも、ＵＳＢケーブルに使える物がない事に気が付くでしょう...

★私も 114-GEN を持ってますが、その様な用法で使用可能なＵＳＢケーブルが無いので試した事は有りません。
注）ＵＳＢケーブルが有れば実現可能という意味では有りません↑

とりあえず９８２１でという事で、CHANPON3を使ってRa40では使えました。しかし電源供給などを考えると、中古SCSIケースなど、ドライブを収めて電源も供給できる箱が欲しくなったりして、思ったよりお金も手間も掛かる事になるかも。