自己レスです。デバイスの所のコンピュータのの所を見てみるとIRQの9をRSAに取らせると
ビックリマークがでます。しかし普通にRSAのプロパティ見ただけでは正常動作しています(??)
訳分からなくなってきました(^-^;

＞IRQの9をRSAに取らせるとビックリマークがでます … ん～確か[IRQ 9]は標準ハードディスクコントローラが握る割り込みだったと記憶してますが…Ｋｏｏさんの環境は ALL SCSIになっているのでしょうか？ まぁこの質問に答える前に、もう少し情報を提示してもらえると的確なアドバイスができると思います。とりあえず「使用機種(型番は最後まで正確に)」「使用ＯＳ(できればビルドNoまで)」「内部拡張機器(できればリソース状況も)」を提示できませんか？

ＡＬＬ ＳＣＳＩ化にて内蔵ＨＤを切り離し、標準ハードディスクコントローラの
ドライバーが使っていたＩＲＱ９でＲＳＡ－９８Ⅲが動作しています。
接続はＴＡ（Aterm)です。リソース状況を下記に示しますので参考にしてみて下さい。

0システム タイマ
1NEC PC-9800 シリーズ キーボードまたは 98 スタンダード キーボード(95)
2スタンダード ディスプレイ アダプタ (9821 シリーズ)
3GA-VDB16シリーズ
3PCI ステアリング用 IRQ ホルダ
4通信ポート サポート 115.2Kbps (COM1)
5NEC PC-9821X-B09/AIC-7860 PCI Ultra-SCSI
5PCI ステアリング用 IRQ ホルダ
6MELCO LGY-98
7プログラミング可能な割り込みコントローラ
8数値データ プロセッサ
9拡張シリアルポート(RSA-98III) (COM3)
9拡張シリアルポート(RSA-98III) (COM2)
10PC-9801-118 PnP モード(パソコン本体③) MIDI割り込み使用
11標準フロッピー ディスク コントローラ
12PC-9801-118 PnP モード(パソコン本体③) MIDI割り込み使用
12Mate-X PCM
13標準バス アダプタ マウス
14プリンタ ポート (36pin Parallel Interface) (LPT1)
15システム CMOS/リアル タイム クロック

すいません。いろいろ混乱していたもので、コーヒー飲んだら落ち着きました(苦笑)
まずリソース状況ですが
00　システムタイマ
01 nec pc-9800シリーズキーボード
02　デスプレイアダブタ
03　IDE-98
04 通信ポート(COM1)
05 拡張シリアルポートRSA-98Ⅲ(COM2)
06 I-O DATA SC-98Ⅲ(PnPモード)
07 プログラミング可能な割り込みコントローラ
08　数値データプロセッサ
10　外部MIDIポート
11　フロッピーディスクコントローラ
12　98CanBe PCM/MIXER DRIVER
13 標準バス　アダプタマウス
14　プリンタポート
15　システム　CMOS/リアルタイムクロック
です。OSはWIN98(生)で
改造したところは　CPU:K6-2 400Mz　です。

いやな予感がしたのでマウスを切ってIDE-98のIRQを13にしたところWINが起動できませんでした。
セーフモードで自動設定にするとIRQが3に戻され正常起動します。

＞マウスを切ってIDE-98のIRQを13にしたところ … バスマウスは切れないと思います(と、言うより切らないほうが良い)。本題から外れましたね失礼いたしました(^^;)"[HELP]+起動"で出てくるメニューの"内蔵ハードディスク"項目が"使用しない"になっているか確認してもらえますか？それと"メモリ"の項目が"保持する"になっているかも…。なんとなくWindowsのデバイスドライバだけを削除したようにも見えるのですが…＞ゴミかも