私の曖昧な記憶と思い込みでの回答です。余り当てにしないでくださいね。
シリコングリス自体には電気の伝導性は無かったと思います。
グリスに銀など入っていたら別でしょうが。
そう考えると冷却がしっかり出来ていない可能性のほうが強そうです。
もう一度シリコングリスを塗り直してみては如何でしょうか？
後考えられるとしたらグラフィックカードのメモリーが逝ったかチップを傷つけた等が考えられます。
グリスの除去は私はティッシュで拭いています。
細かいところに憑いた分は爪楊枝でほじっています。
洗浄の仕方は解りません。そんな大それた事は私にはとても。
思いつくのはアルコールで拭く位です。

>シリコングリス自体には電気の伝導性は無かったと思います
熱伝導率がよさそうだから、てっきり伝導性もあるのかと思っていました。
エアー吹くまで正常だったもので...。
>細かいところに憑いた分は爪楊枝でほじっています。
無難な方法でやってみます。
恐らくグラフィックカードのメモリかチップが逝きかかっているのかも知れませんね。
Sin_Syouzab さん　色々ありがとうございました。参考になりまいた。

Sin_Syouzab さん　のおっしゃるとおり、グリスには伝導性がないと思いますが、
グリスの表面に埃がついた場合は、ショートおよび誤動作の可能性があります。

エラーが出なくなるまで、ほじほじするしかないかも(^_^;)

556で有名なkure crc electronic cleanerあたりがお勧めです
速乾性ですし、流れるほど吹き付けてもあっという間に揮発します

ただ、グリスなどは一気に流れ落ちると思われますので、使用後、熱伝導用および
ファンモーター内のグリスアップはお忘れなく。

以前、Nr15のマザーをcrc556でクリーニングしました。べとべとになりましたが
きちんと動きました（笑

爪楊枝は、、、、パターンをいためる可能性もあるので避けるべきだと思いますが。
では

クレ556よりクレ226やブレーキパーツクリーナーのほうがいいとおもいます。
556も226も同じ灯油ベースながら、226は556と違い、電気部品用というだけに粘性の物の残留が少ないですから。ブレーキクリーナーと間違えてキャブクリーナーをぶっ掛けるとプラを侵食しますのでご注意ください。

CRC 5-56でべとべとですか？　それってかなり危険なような・・・。
機械部品の汚れ落としの為に強力な溶剤が入ってませんでしたっけ？
（実際に成分表を見てないので解らないけど）
電子部品に使った場合、基板とかの樹脂パーツ部分がもろくなりそうなんですが・・・。

私がはみ出たグリスを掃除する場合は根気良くツマヨウジとティッシュでちまちまと。
ケミカル系の製品のお世話にはなりません。

汚れ落とし剤は電解コンデンサの封止ゴムに悪影響があると、何処かで聞いた覚えがありますので使用は控えた方がいいと思います。
ちなみに、ウチではこの手の汚れ落としは、指で絞った水流を吹き付けて洗い流してから陰干しです。

って、余談ばかりでしたが、本題の方の確認です。
ごく基本的なことですが、電源を入れたときにファンは正常に回転していますでしょうか。
汚れ落としの時に、何かの衝撃でファンが壊れたとかケーブルが外れていたとかは結構あります。チップファンは結構壊れやすくて、ぶつけたりこじったりすると、回転が不安定になったり止まったり異音がしたりする事がよくあります。