環境を詳しく書きましょう。これではさっぱりわかりません。
エラーメッセージも詳しく書いた方がいいですね。
手順をきちんと踏めば、SCSI接続のドライブにWindows2000をインストールすることは可能です。

>すいません。環境を確認できないところで書いたので
>漠然とした文章になってしまいました。

環境は次のようになっています
マシン：PC-9821V166
メモリ：96MB
ＨＤＤ：標準IDE
ＧＡ　：GA-S2K32/PCI
ＰＣＩ：CHANPON(SCSI/LAN/USB全て有効)

この状態でWindows98SEを動かしていました。

それでCHB35INT2というIDE-SCSI変換が手に入ったので
ＨＤＤをスピードアップと大容量化することにしました。
標準IDEをはずしてCHB35INT2に
Seagate(物がなくて型番確認できず)のATA100の20Gを
つなげてインストールしました。

>SCSI起動でWindows2000のクリーンインストールをしようと
>Windows2000のCDで起動ディスクを作成してインストールしたのですが、
>インストール完了して一旦電源を切ったあとの起動で
>「ファイルが見つかりません」のエラーになって起動できませんでした。
現在ＨＤＤがなくて詳しいエラ−メッセージが確認できません。
「ファイルが見つかりません0:
　システムパス」
のような感じだったと思います。
が、インストールをして、ドライバを入れたりして再起動は何度もするのですが
一旦、電源を切ってからの起動ができません(なぜ)。

ちなみに、DOS/VでWindows2000を使用しているので普通にインストール
することには問題ないと思っているのですが、
98だと何か気をつけることが他にあるのでしょうか?
それともIDE-SCSI変換は使えないのでしょうか？

Windows2000のインストール自体はうまくいっているようですので、最初のF6キー押下によるドライバ組み込みも行っていると言うことですよね？
IDE-SCSI変換をかましているようですので、もしかしたらその辺が問題なのかもしれませんね。純SCSIなドライブがあればそれで検証すればはっきりするのですが。
CHANPON1のSCSI BIOSの設定を変えて転送速度を落としてみるとか、念のためIRQの競合等チェックしてみるとか（起動しているのならばここら辺の可能性は低いですが）、CHANPON1の認識がスムーズにいっているかどうかをチェックしてみてはいかがでしょうか。
特にPC-98だからといって注意する点はないかと思います。

CHANPON1のSCSIでCHB-35INT2、使用していました。
HDDは15GBのアイオーデータブランドのもので中身はSamsung製でしたが問題なく使用できていました。OSはWindows98、本体はPC-9821Xv13/R16です。現在は本体、CHANPONボードとも手放してしまったので確認は出来ませんが、特に設定等をいじった覚えはありません。
参考まで。

レスありがとうございます。

環境で抜けがありました。
ＣＰＵ：HK6-MS400N2
になっています。

こちらも環境を詳しく書いていませんでした。申し訳ありません。
当時の環境は
本体:PC-9821Xv13/R16
CPU:Lontecの下駄 PL-K6-III/98を使ってK6-2 400MHz化
メモリ:80MB
Cバス:全て空き
PCIバス1:GA-S2K32/PCI
PCIバス2:CHANPON1
内臓IDE機器:無し(ALL SCSI化)
SCSI機器1:HDD:前述のHDDをCHB-35INT2を使ってSCSI化
SCSI機器2:CD-ROM:TEAC 32倍速SCSI(型名 失念(^^;))
SCSI機器3:PC Card Reader:MELCO MCR-SFB2

でCHANPON1の機能は全て有効で使っていました。