>ＳＣ−９８スリーＰのボードで使用しておりましたが、問題ありませんでした。
問題がなかったというのは、このボードを使用していた時は、Windows3.1が起動したという意味でしょうか？

>ＷＩＮＤＯＷＳ３．１は、全然たちあがりません。
どの段階で止まるのでしょうか
１　Windows3.1のパーティションからMS-DOSが起動しない。
２　MS-DOSは起動するが、その後、ＤＯＳのプロンプトが出たままになる。
３　ＷＩＮＤＯＷＳ３．１の起動ＬＯＧＯは出るけど、ＤＯＳプロンプトに戻る、もしくは、そのままハングアップする。
どれかだと思いますが、どういう状況でしょうか？

>ＳＣ−９８スリーＰのボードで使用しておりましたが、問題ありませんでした。
Windows3.1が起動しました。
>ＷＩＮＤＯＷＳ３．１は、全然たちあがりません
１　Windows3.1のパーティションからMS-DOSが起動しません。
このような状況です。

なぜSCSIボードを交換したんですか？
PC-9801-92よりもSC-98IIIPの方が高性能なので、交換する意味はほとんどないと思います。
PC-9801-92にしか対応していないソフトというのが多少あるので、そのソフトをどうしても使いたい場合は除きますが。

ちなみに、Cバスの場合、SCSIボードを変えたら原則としてHDDは再フォーマットしないとまともに使えないと考えてください。
今回の場合、SC-98IIIPには、再フォーマットなしでHDDを交換できる機能が付いていますが、9801-92にはそのような機能がありません。

ＳＣＳＩって、メモリ空間が違ってる物がありませんでしたっけ。
(ちょっとうろ覚え)
ＤＯＳが立ち上がらないとはどういう状況なんでしょう。
全く反応がなければ、上記ＹＵさんの辺りや、固定ディスク起動メニューの辺りを、
少しでも動くそぶりがあるならばインタラクティブブートで、チェックをするか、
ＣＵＳＴＯＭ、ＭＥＭＭＡＫＥＲなどで、最適化をやってみたらどうでしょう。