・違います
・使えます

＞PC-98対応ＯＳとPC/AT互換機対応ＯＳは違うのですか？
違いますが、市販のWindows98(SE)とWindows2000は（OEM版を除き）PC/AT互換機用とPC-9800シリーズ用が同一パッケージに入っています。従って、この２つのOSはPC-9800シリーズ専用パッケージはありません（多分）。

＞一般市販品のものは使えないのでしょうか？
使えますが、市販品販売後に作られたその機種専用のドライバなどが付属していなかったり、専用品で拡張されたり修正された部分が含まれていなかったりする場合があるため、Windowsモデルでは使えるのに、市販のWindowsでは使えない、という機器や機能がある場合があります。この場合には、自分で色々なドライバやファイルを入手して、使えるようにする必要があります。

＞MS-DOS6.2は専用モデルと書いてますが
一般市販品のものは使えないのでしょうか？
使うためには本体についてきたＣＤ−ＲＯＭでＭＳ−ＤＯＳをアップデートしないと起動できない可能性があります。（エプソンチェックが関係あるかも）

＞一般市販品のものは使えないのでしょうか？
NECCDM.SYS(相当のデバイスドライバ)が市販品には含まれていないと思います。
他にもi82557用のNdis2ドライバが付属していない云々あると思いますが....

↑Ｗｉｎ９５、同ＯＳＲ１、Ｗｉｎ９８、同ＳＥのそれぞれ正規版であればＮＥＣＣＤＭ．ＳＹＳが同梱された起動ディスクが添付されます。（Ｘａ２００／Ｄ３０Ｒでしたらアップグレード版は当然使えません。）また、セットアップ後に作成できる起動ディスクにもＮＥＣＣＤＭ．ＳＹＳは含まれますので問題ないでしょう。
　私のＸｖ20は一度も標準添付のセットアップＣＤの類は使っていません。（唯一ＰＣＩセットアップディスクのみ使用）いらないものが入るのがとにかく嫌いなので、ＢＸ３で使用していたＷｉｎ９５のＣＤ−ＲＯＭ（ＢＸ3のＷｉｎは当然アンインストールして）でセットアップしました。ただ、Ｗｉｎ９５はHENLIさんのおっしゃる通り、標準のＬＡＮドライバがなかったように思います。Ｗｉｎ９８以降でしたら全く問題無しです。

>市販のWindows98(SE)とWindows2000は（OEM版を除き）PC/AT互換機用
>とPC-9800シリーズ用が同一パッケージに入っています。
WindowsNT4.0も同様です。

基本的なことですが、ＯＳというのはアプリケーションソフトから見たハードの
相違点（ＡＴ互換機と９８０１／２１の違い）を隠すという役割があるので、
ＯＳ自体とデバイスドライバはそのハード専用です。
（プリンタドライバは同じ物ということが多いですが）

全然関係ないですが、XAとXaは別物でし。
ただし、今となっては両方マニアが欲しがるブツと言う点は同じですが。。。

皆様ありがとうございます。
WIN98のUPDATEしか持っていないので、
98SEのパッケージを購入したほうがよさそうですね
XAという型番があったとは知りませんでした。

かすが☆。さん＞ＰＣ−９８ＸＬ／４じゃだめですかぁ？（笑）→最初に買った98

ＸＡというのはＰＣ−９８ＸＡのことです。Ｈ98まで続くハイレゾ系の初代機ですね。ノーマルモードを積んでいなかっただけで異端児扱い（というかそもそもＣＡＤ屋さん向けなんですが）された悲運のマシンです。後にＸＬ,ＸＬ2（えっくすえる・だぶる）,ＲＬと続きます。デザインはＶＸに似てるけど、みょ〜に横長で思いヤツです。電車でモニタとセットでお持ち帰りして死にそうになりました。

どる仲向けでしたね、失礼。