Win98はログイン画面とログイン後の画面で解像度などが変わりますからこれが食い違っている場合はログイン画面も個別で調整しなければなりません．
・・・て，きっとそんな簡単な事じゃないんでしょうね（^^;）
はずしてたらごめんなさい．

早々の回答ありがとうございます。
すいません、自分の文がちょっとわかりにくかったようです。
ログイン画面の手前（雲のところ）でした。
あと、解像度とかではなく画面がそのままスライドしたような（中央がずれている）
感じです。

最初のWindows98のロゴのところでしょうか？
ここは走査周波数(水平) が違いますので、モニターの調整をしなければずれます。
モニターによっては、自動調整してくれる物もありますが、あてにならない場合もあります。
画像の領域を小さくしたりして、見ればわかると思いますが、マニュアルで調整しないと
結構ずれているものです。

さらに追加として
調整するには同じ周波数上でないとその周波数での調整は出来ないのでご注意ください

またカバー外してマザーの電源コネクタとかG/Aボード挿し直してみたら如何でしよう。RGBケーブルも同様に。

本体を分解した時に電池も外したためDOS画面が24kHzに切り替わってしまった、ということではないでしょうか？
この場合は、GRPHキーと数字の「2」のキーを押したままでパソコンの電源を入れれば元に戻るのではないかと思います。

皆さんお答えありがとうございます。
もう1度カバーをはずしたり、ＧＲＰＨ＋２をして、
RECALL（工場出荷時設定）しましたがとずれてしまいました
とりあえず、もさんの言うようにそれぞれの画面で調整すればズレはなくなったのですが、
工場出荷時設定が変わってしまうことはあるんでしょうか？

>本体を分解した時に電池も外したためDOS画面が24kHzに切り替わってしまった、
V200の場合は31kHz出力が標準で、それをやると31kHzになります。

工場出荷設定が、お使いのＰＣで綺麗に表示出来るとは限りません。
ビデオカードなどの環境によっては同じ周波数でも表示位置がずれる事があります。
工場出荷設定値が単純に正しい（？）設定になっていないこともあります。あくまでも調整の振幅の中心だったり、最端値だったりすることもあります。
工場出荷設定値が変わることはあります。値自体は変わりませんが、モニタのゆがみなどが発生した場合結果的にゆがんで見える場合などはそれに当たります。

>もさん
そうだったんですか。今までしっかり表示されてたものが急にずれることはないと
思ったものですから。

皆さん、いろいろ教えていただきありがとうございました。