ライトアロケート設定で15M-16M空間を無効にしてみてもだめですか？
うちのXv13/W16では16MB空間を切り離していても問題無く動作しています。
こちらではWindows2000(SP2)+Write Allocate Monitor II　Ver0.57という環境です。
なんとなくCPU回りっぽいような気がします。
確かにXv13/W,Xv20のFD周りって挙動がちょっと不審みたいですが・・・。
あと、INTELSATははずしてみましたか？こういった不具合が出たら即座にINTELSATなどははずしてみるべきです。

エクセリア様レスありがとうございます。
私もWrite Allocate Monitor II　Ver0.57（以下　ＷＡ２）をスタートアップに入れて使用しております。
確実を期すためにスタートアップよりＷＡ２削除、電源ＯＦＦ、起動、書き込みテスト数度の後破壊という結果でした。
ＩＮＴＥＬＳＡＴにＲＥＭをつけて無効にしましたが２回目の書き込みテストで破壊という結果になりました。
両方同時に行っても見事にＦＤ破壊しました。（以上１６ＭＢ空間解放時）
ＦＤはＸＡ７でフォーマットすると不良クラスタなしでフォーマットできます。
ＣＰＵとＧＡ（ＳＶ４Ｐ＋のため）の熱暴走も考えたのですが室温２５度以上でスーパーパイで４０分以上動作しますし
３ＤＭＡＲＫ２０００も最後まで計測できます。
そのほか８６音源を抜いても試してみましたが見事に破壊してくれました。
ちなみにＨＤＤは正常に読み書きできています。
あとＰＫ−Ｋ６Ｈ３３３／９８を５．５倍設定（３６６）するときに気になっていたんですが
Ａ２０マスク機能がＯＦＦ（使用する）になっていたんですが、たしかＨＸ機は使用しないだったような気がするのですが？
しかしＰＫ−Ｋ６Ｈ４００／９８（同型？）はＸＶ２０動作対象になっているようですし？？？
今度１６ＭＢ空間解放時ＤＯＳでの読み書き試してみます。

訂正　ＰＫ−Ｈ３３３／９８（３６６）がＰＫ−Ｋ６Ｈ３３３／９８（３６６）です。　

あと、CPUを元に戻してみて試してみましょう。マザーボード上のセカンドキャッシュははずしてみましたか？

エクセリア様ありがとうございます。ＤＯＳの読み書き時も、ＣＰＵをＰＥＮ２００に戻してもキャッシュをはずしても破壊しました。ＨＩＭＥＭでＴＥＳＴＭＥＭ　ＯＮでも異常はないですし・・・。

Windows95 OSR, Windows98 の DOSモードで、2HD 1024バイト/セクタ　フォーマットの
フロッピーを破壊するという問題があるのですが、それとは違うのですよね？。

まりも様ありがとうございます。ＯＳは９８ＳＥでエクスプローラー上でアクセスしても破壊（ＦＤに２ＧＢのファイルがあったりする）（ライトプロテクトなし時）するといった状態です。ＸＡ７についているシチズンのＦＤＤに変えて試してみましたが同様でした。ＸＶ２０についていたＦＤはＮＥＣのＦＤ１２３１Ｔでジャンパは０のところがショートといった具合です。

FDドライブを変えても壊れるのですか!?。接続ケーブルも変えてみましたか？。

＞FDドライブを変えても壊れるのですか!?。接続ケーブルも変えてみましたか？。

今度はケーブルごとＸＡ７のＦＤＤ（シチズン製）をＸＶ２０に移植してみましたがやはり破壊しました。
ただ、まりも様のおっしゃった2HD 1024バイト/セクタ　フォーマット（１．２ＭＢフォーマットのことですよね。）
のＦＤでテストしていたので１．４４ＭＢフォーマットでテキストの読み書きテスト（十数回）したところ、破壊にはいたらず
テキストの文字化け（これでも十分致命的ですが。）でとどまりました。
ついでにＢＩＯＳリセット（ＥＳＣ＋９＋ＨＥＬＰ）ためしましたけれど変化なしでした。

妙ですね(^^;。FDデータの論理的破壊は、
0)CPUとL2キャッシュデータ化け
1)メモリデータ化け
2)FDDケーブルでのデータ化け
あたりしか思い浮かばないんですが、0)はCPU元に戻して動作だし、1)はFD以外で問題なく
動作しているようですし、2)も、FDDおよびケーブル交換しても動くので、「白」ですね。
あとは、M/BのFDDインターフェイス回路またはＣバスブリッジが逝かれているか…
くらいです。Ｃバスのボードは全て正常に動作するのですよね？とすると、DMAあたり
の故障かもしれませんが、86音源ではない内蔵のX-PCM音源は動作するのでしょうか。

と言うことはマザーのFDDコントローラが壊れている可能性が非常に高いですね・・・。

＞Ｃバスのボードは全て正常に動作するのですよね？
はいＳＣ−９８−３（ＳＭＩＴですが一応ＤＭＡを１つ要求します）につながっているバックアップ用ＨＤＤに正常に読み書きできます。８６音源は９８ＳＥのＤＯＳプロンプト上でＦＭがなりますので正常と思われます。内蔵のＸ−ＰＣＭ音源ですが音がなりましたのでこちらも正常と思われます。
ということはＦＤＤコントローラー周辺が死亡はしてはいないが不具合を抱えている（死亡の前兆？）けれどなぜか１６ＭＢ空間を解放しないと現れないといったところでしょうか。
とりあえず気をつけながら使っていこうと思います。
エクセリア様、まりも様ありがとうございました。

エクセリア様、まりも様まことに申し訳ありません。
１６ＭＢ解放してもＦＤ正常に読み書きできるようになりました。
原因は内蔵ＬＡＮとのリソースの競合（ＤＭＡコントローラー）でした。システムセットアップで認識、ＯＳで使用不可（使用しないしパスワードが面倒）
にしていたのですがデバイスマネージャーでＬＡＮ（intel 8255x・・・）のリソースを（使用不可のため手動設定をどうたら・・・）みたところ
なぜかＳＣ−９８−３と内蔵ＩＤＥコントローラー、ＤＭＡコントローラー（！！！）、プログラミング可能な割り込みコントローラーと
競合を起こしていることになっていてＬＡＮを使用可能にしましたらＦＤ破壊がなくなりました。
使用不可の状態でもＳＣ−９８−３、内蔵ＩＤＥコントローラーの方からリソースをみると競合は（もちろんＦＤコントローラーも）していないのですが。
ちなみに競合しているといわれたのはＩＯの範囲0000-001F（見事にＤＭＡコントローラー等が使っています。）と
メモリ範囲の00000000-000FFFFFです。使用不可にするとリソースは使わないものだと思っていました。
まぬけな私のために貴重な時間を使わせてしまって申し訳ありませんでした。

解決してよかったですね。ちなみに
＞（intel 8255x・・・）
と表記される内蔵NICドライバはPC-98ではうまく動かない事があります。
専用ドライバがNECにアップされてますので、そちらに置き換えたほうがよいと思います。
＃もしかしたら、汎用ドライバのためにリソース割り当てがうまくいってなかったとか推測してみたり(^^;

121WAREより98Mate/98Fineシリーズ内蔵LANボードおよび100BASE-TXインタフェースボード(PK-UG-X006/PC-9821X-B06)用LANドライバ アップデートモジュール(Windows(R)98版)
ダウンロードしてきました。インストしてみましたがやはり使用不可にするとＩＯの範囲0000-001Fとメモリ範囲で競合します。
ＰＣＩの（オン）ボードはＩＲＱさえ確保できれば競合を起こさないはず（勘違い？？）だったような？。
せっかくですので安いＡＴ互換機用ＰＣＩ−ＮＩＣとクロスケーブルを買ってつないでみようと思います。