AT/9821両対応マウス（主にシリアル変換コネクタが付属している）と
書かれた物でない限り基本的に使えません。PS/2マウスな場合は絶望的です。

USBマウスだった場合はPC-9821にUSBポートがある、OSがUSBをサポートしている。
この２点を満足していれば使えるでしょう。safeモードで動きませんけど。

最近、見掛ける事が少なくなりましたがPC98に正式対応している物は、一応「ロジクール」のＳＨ３３だったと思います。（スタンダート型の黒モデルの物です。型番は間違ってるかもしれませんが。）ただし、WiN95上でしか動作保証をしてくれないですがこの辺は「過去ログ」を検索なされるとログが出てくると思います。
又、USBでの場合はUSBポートを持っているモデルでない場合はPCIスロットにUSBボートを差し、Win98の投入をすれば動作すると思います。ただし、保証はないとは思いますが。

私のマシンでは、V200/S7DのUSBとRvII26にUSB-PCIを挿してロジクールのUSBマウスのバルク品が問題なく動作しています。

特別なドライバが必要でないなら、マイクロソフトのシリアル＆PS/2コンパチのものが使えると思います。
予備に透明なバージョン買って来て、現在のマウスと交換してそのまま動きました。
もっとも現在のマウスは「インテリマウス 9821正式対応版」だったんですが・・・。

ロジクールの黒尻マウスがいいです。まだあちこちで見かけます。
私は最初ＭＳの白尻マウス使ってました。最初は良かったんですが、
だんだん認識面でトラブルトラブルになっちゃったんで変更しました。
Ｘｔ１３とｗｉｎ９５で良好です。NetScape6以外は（笑）

ＭＳのインテリマウスは、９８２１対応と書いて無くても銘板が
「Serial or PS/2 Compatible」となっていればシリアル接続で動作するみたいです
「Serial」「PS/2」だけのものは９８２１では動作しませんでした
（どっちにしろ９８２１対応のドライバが必須となるのでマウスだけ手に入れてもダメですが）
これを利用すればカラを付け替えることによりザラザラ薄型のインテリマウスが、
９８２１でも実現できます

参考までに
ＤＯＳ／Ｖショップ等で売られているLogitechの物で裏の表示でMODEL：M-C48となっている物はＷＧＺＣさんが書かれているＳＨ３３と同等品ですので使えますが、これ以外のモデルは使用不可です。