IFC-USP-M2だとSCSI機器を取り付けることができますが、最近のHDDをつけても転送能力が不足して全力を出すことができません
それでもオンボードのIDEよりだいぶ速くなるし、32GBまでのHDDを2台取り付けることができます
UIDE-66なら、最近のHDDでも転送能力が不足することはないし、32GBまでのHDDを4台取り付けることができます

SCSI機器があるか将来買うかもしれないならIFC-USP-M2、速度重視でSCSI機器はいらないか、遅いCバスで十分ならUIDE-66でしょう

この二つのボードの転送能力差はどれくらいでしょうか？
ＩＦＣ−ＵＳＰ−Ｍ２はＡＴＡ−３３程度になるのでしょうか？

IFC-USP-M2のIDEの転送速度はだいたい10MB/sを少し超えた辺り（12〜13MB/sくらいだったかな？）で頭打ちになるようです。UIDEの転送速度に比べるとかなり遅いみたいです。

確かＩＦＣ−ＵＳＰ−Ｍ２は２台繋げられるとはいえ２個目はWindows上のみの認識になったはずです。
DOSでの利用を考えているなら注意してください、あと２台繋ぐ場合ケーブル長によってはなかなか動作が安定しない場合も。

IDEよりSCSIを重視し、かつ、”多少高くてもいい”なら
・UW対応SCSIボード＋AEC-7720UW(ATA33→UW-SCSI変換ボード)
・SCSIボード＋AEC-7720U(ATA33→U-SCSI変換ボード、販売店少なし)
という選択もありかとおもいます、AEC-7720UW(U)はパーツ屋などで10000をやや下回るくらいで販売されており
この場合IDE１デバイスにつきAEC-7720UW(U)が１個必要になります。

IFC-USP-M2のIDEは理論値で16.6MB/sで実効値は12MB/sだったかと。
UIDE-66でDTLAをつなげば30MB/sを超えるようなので約３倍近い速度差があるんですよね。
Ultra SCSI変換じゃなくてUltra2 SCSIに変換できるボードができたら無敵かも。

IFC-USP-M2のSDATスレーブはHDDはWin上でしか使用出来ませんがCD-ROMはDOSでも使用出来ますよ。
CD-R(W)は対応しているライティングソフトが無いのでATAPIなドライブを使いたい場合はUIDEシリーズの方が向いています。

IFC-USP-M(2)は速度的にはUIDEシリーズに及びませんがCPUへの負荷は低いそうなので使い方によってはこちらの方が向いている事も有るようです。

便乗質問です。
ＵＩＤＥ−６６の場合、ＡＴＡＰＩなＭＯやＣＤ−ＲＷは特に問題なくどの機種でも動作するのでしょうか。

もしPCIを他で使いたくて、IDEの転送スピードにこだわらなければメルコから20GBのHDDが
出ています。バリュースターとかPCIが1本しかない機種なら考慮に入れてみては？
http://www.melcoinc.co.jp/product/hd/dbi-ngt.html

＞ＵＩＤＥ−６６の場合、ＡＴＡＰＩなＭＯやＣＤ−ＲＷは特に問題なくどの機種でも動作するのでしょうか。
１００％と言うわけにはいきません（保証が無いので）が動く物もあります。ボード自体は純粋なＡＴＡＰＩなボードですしね。

速度を気にしない事がＩＦＣ−ＵＳＰ−Ｍ２の選択条件になると思います。速度もＳＣＳＩもと言うとＳＣ−ＵＰＣＩ＋ＡＥＣ−７７２０ＵＷか、ＳＣ−ＵＰＣＩ＋ＵＷＨＤＤ（ＨＤＤを新規に買うなら金額差はほとんどないはずです）じゃないですかね。
ＣＤ−Ｒみたいな物を使わないならＣバスＳＣＳＩ＋ＵＩＤＥ−６６にするのもよいかと