単純にケース、というよりガワだけを比較すると、内部容積が大きいタワー型が有利でしょうね

でも、タワー型でもデスクトップ型でもケース内での空気の流れをある程度考えた設計になっているので大差はないでしょう

まあ、取り付け可能な拡張ボードやHDD等の数も考えると、フルに増設したデスクトップよりフルに増設したタワー型のほうがだいぶ発熱は大きくなるとも言えますが

タワーだからというより、設計のしっかりしたケースか、その辺がヘボなケースかという違いのほうが大きいと思いますが。

　デスクトップな９８は一台もないのですが、暖かい空気は上に行くということ
を考えると、電源の排気ファンが上部についているタワーの方が、素性としては
良いかもしれません。
　ちなみに、ＲｖIIには上部にＨＤＤ冷却用のファンがついていますが、５イン
チベイにあたった空気がすぐに排気ファンに流れるのでもったいないと思って、
カー用品店に売っている薄いウレタン（？）のような素材（裏に両面テープが付
いている）を使って、しきりを作り、空気をいったん下のほうに流しています。

　皆さんの言われるように、デスクトップにせよタワーにせよ、設計はしっかり
しているはずなので、それほど優劣はないでしょうが、Ｋ６-IIIやPermedia２な
どのように思いっきり発熱するやつもあるので、少し微妙なところですが・・・。

　ちなみに現在、どなたかが紹介されていたRainというソフトクーラーを使って
いますが、劇的に発熱が減りました。（効率の悪い使い方しかしてないとも言う）