実際に使用したことないですが、Xa10/K8にX-B03増設してWin98SEインストールしたときは内蔵GAがプライマリー、X-B03がセカンダリーになりましたから共存は出来ていましたよ。
プライマリーとセカンダリーを入れかえる事が出来るかどうかは解らないですが、、

OSの仕様なのか、Win98付属ドライバ仕様なのかは解りませんが、
Win98の場合は内蔵GAが強制的にプライマリとなるようです。
ちなみに、Win2kでしたら内蔵GAをセカンダリにすることが出来ました。

Xv13/R16使いの拓です。
以前やってみたことがありますので、その経験を書かせていただきます。
Win95でオンボードのトロイデントを殺し、ミレニアムを使用いている状態で
Win98にアップグレードした場合には、ミレがプライマリで、トロがセカンダリ
になりました。
最初から、Win98をセットアップした場合はトロがプライマリ、ミレがセカンダリとなり、
いろいろやりましたが、設定の変更ができませんでした。
どうやら、Win98を最初からセットアップした場合や、後からグラフィックを
追加した場合は、新しいものがセカンダリになり、95から環境を移行した場合
のみ増設ボードがプライマリになるようです。

OKです。うまくいきました。
どうもありがとうございました。