どのベンチでどの数値がどれくらい悪くなったんでしょうか。
HDDの値なら、計測する位置(＜データのおいてある場所＆量)によって狂うんですが。
HDDのベンチをきちんとそろえるなら先頭パーティションの中身を空にして計るとほぼ一定の値がでるはずです。
ベンチには「誤差」も出ますので「誤差範囲」ということも考えられますね。

起動ドライブレターでベンチをとると使えば使うほど断片化やベンチで使うクラスタが変わっていってどんどん結果が下がっていくこととなります。
ドライブを分割してパーティションを分けての先頭を空にしておくと安定して速いですよ。

↑ですけどそれって、まさにベンチマーク結果を高い数値で定量的に取るための
行為であって、速い部分を実用に供さないということでもあるので、
ある意味本末転倒でもありますね。

ＨＤＤの数値なら私も落ちました（Ｕ―ＩＤＥ９８のＵ２モードからＵ―ＩＤＥ６６のＡＵＴＯモードに設定したＤＴＬＡで）。
結果、ケーブルのノイズで転送速度が落ちたようです（Ｕ―４モードにするとエラーの嵐でした）、ケーブルのノイズ対策で数値は上がりました。

ＨＤＢＥＮＣＨｖｅｒ３でライト＆リード共に３割ぐらい落ちたと思っていたら違いました。
デフラグして計測しなおしたところ２，３％の低下でした。けどやっぱり早くなっていない！やっぱり標準ＨＤを起動ディスクにしているのがだめなんですかね？

> やっぱり標準ＨＤを起動ディスクにしているのがだめなんですかね？
此がV13に初めから搭載されていたHDDの事でしたらUIDE-66を使うだけ無駄です。
★UIDE-98(M)でも転送速度に十分余裕が有りますから（笑

Ｖ１３に最初から搭載されているＨＤＤでベンチマーク取るわけがありません。シーゲイト
のＡＴＡ−６６対応ＨＤＤをつないでそれでとっています。なにしろ９８のくそＨＤＤは
ＡＴＡ−６６対応ＨＤＤの３分の１も転送能力がないですから。けど１．６ＧＢを
すてるのがもったいないと言う理由だけで使っています。でこのＨＤＤをボードにつないで
いるために増設ＨＤＤの転送モードに悪影響があるのかなと思ったわけです。

ちなみに私はＣドライブセットアップの意味も含めてパーティションを３つにわけています。
アプリのインストーラで強制的にＣになっちゃうのがあるんですよね。ＡドライブはＦＤ代わりのテンポラリにする事が多いかな？（＆ベンチ用（笑）ＯＳはＣドライブです。後ろの方が遅いとはいっても今まで使ってたＨＤＤより圧倒的に速いので気にはしてません。