K6-IIIのL2辺りが悪さしてるんじゃないでしょうか。
私の環境は、V166流星で、
K6-2(旧コア)+PL-Pro/MMX Plus!(Rev.2.1) or PL-K6-III/98だとメモリカウント後すぐにUIDE-66のBIOS画面が出ますが、HK6-MS466-N4だとメモリカウント後、UIDE-66のBIOS画面まで10秒くらいかかります。
(やはりUIDE-98のときはこの症状は出ませんでした)
解決策はわかりません〜。(^^;)

ちなみにROMUPやUIDE-66BIOS設定保存は、K6-2だとできましたがMS-N4だとできませんでした。
某所でVXマシンのマザーL2カット＠K6-IIIだと正常だ、との情報がありましたので、メルコ下駄のL2がらみの魔法が悪さしてる…のかな？

430HXなXa/Wだと全く問題なくBIOS保存出来てます。（V2下駄にK6-III 366@400)
起動時のデバイススキャンもUIDE-98Mより更に速くなりました。
接続していない部分のデバイススキャンをカットしても遅いのでしょうか？どうも使用機種によっては若干の不具合（？）があるようですね。

＞バイザーさん

デバイススキャンに入る前の、メモリカウント終了〜BIOS画面が出てくるまでの時間が長い、ということです。
デバイススキャン自体はUIDE-98よりもかなり高速です。私の場合UIDE-98の4分の1くらいの時間で終わります。(0コンマ数秒)

Xa/W+V2下駄と言うことはL3無しですね？やっぱりK6-IIIのL2〜マザーL3辺りの魔法機能が怪しいですね。

＞デバイススキャンに入る前の、メモリカウント終了〜BIOS画面が出てくるまでの時間が長い、ということです。

あぁ、失礼しました。よく文章を読んでいませんでした・・
となるとやはりL2あたりかなぁ。ウチではUIDE-66を付けているサブ機で安定しない
N3を使ったときは遅かったですね。外部L2を付けると更に遅くなったような。
現在はL3無しで運用中です。

Ｘａ１２／Ｗ１２を使っていますがＢＩＯＳ画面がでるまでにやはり時間がかかりますね（１０秒ぐらい）
ＢＩＯＳ設定は、ＨＫ６−ＭＤ５３３−Ｎ４（ＣＰＵはＫ６−３−４５０に交換）を使っているせいか保存できません。Ｌ３も使っています。デバイススキャンもＵＩＤＥー９８とさほどかわりませんが・・・・・。

ここに書き込みした者ですが、ＨＫ６−ＭＤ−Ｎ４のスイッチでＰＣ９８の魔法機能をＯＦＦにしたところ、ＢＩＯＳ設定が出来るようになりました。しかし、Ｌ３メモリが使えなくなりましたが・・・・。ＢＩＯＳ画面もすぐに出るようになり、デバイススキャンも早くなりました。

Xa7＠K6-III/400＠N2下駄でL3なし、UIDE-98とSC-98IIIPという環境で、UIDE-98を
UIDE-66に入替えたところ、メモリチェック後に先ずロードされるSC-98IIIPの初期化
画面で妙に時間がかかるという謎な症状が…(・_・)？
(SCSI-IDスキャン前の画面が長くなり、その後のIDスキャン画面はふつう)

例によってUIDE-66-BIOS設定の保存終了はできませんが、BIOS画面の表示〜SCAN自体は
以前のUIDE-98より若干素早くなったような気がします。

追記：チップはWildcat、N3下駄+L3有りです...
BIOSの更新もできません。
仕様かな？今後のバージョンアップに期待。

＞SC-98IIIPの初期化画面で妙に時間がかかるという謎な症状が…(・_・)？
私もＩＦＣ−ＵＳＰ−Ｍと同時差ししているとき（データ移行のため）ＵＩＤＥ−６６のチェックに入るまでに時間がかかりました。Ｋ６−３時のＬ３とかＳＣＳＩなどとの相性が悪いのでしょうか？