判る所だけですがOSはWin98SP1との事なので起動時のロゴ等は消さなくても起動するはずです。

キャッシュコントロールは入れなくても動作はしますが能力は出しきれないのでメルコ以外の物でも良いので入れればOKです。
他の物だとロゴもカットされませんし(Win98ではカットする必要はありません)窓の手でも簡単に設定出来ますからそちらを使ってもOKでしょう。
残念ながら下駄の設定ばっかりは運とか相性の問題もあるのでやってみないと何とも言えませんね。

下駄の設定はやはりやってみないと何とも言えないですね。それぞれのスイッチの役割を確認した上で設定を行っていくといいでしょう。
最初は定格クロックかより低いクロックに設定して、位相を追い込んでいくといいかもしれませんね。FSB1.5倍が安定するようでしたら5〜5.5倍設定からやっていくといいかもしれません。
起動時のロゴに関してはWin95の場合は消さなければ不具合が出るはずですので、Win98でしたらそのままでも問題ないですね。簡単に設定するにはKO1さんの仰るように窓の手がいいかな？MSDOS.SYSを書き換えても設定できます。

HDDのデータ破壊がご心配でしたら、大事なデータはバックアップを取って出来れば実験用のOSを入れたパーテーションなりHDDがあれば安心ですね。HDDが2台あるようですので可能であればそれをお薦めします。
（位相設定時にレジストリ破壊を起こすこともありますので）

MS600Pが無事に動作するといいですね。がんばって下さい。

WGZCさん、KO1さん、バイザーさん、アドバイスありがとうございました。
とりあえず標準でついていたウエスタンデジタルのHDDにWINフォルダをコピーしておいて、今朝挑戦してみました。
結果は…すんなり動きました。設定もデフォルトのままです。なんか拍子抜け…。
ただ、付属のキャッシュコントロールのため、起動ロゴは自動的にカットされています。MSDOS.SYSのLOGO=0を書き換えればいいのでしょうが、とりあえず安定している方がいいので、しばらく様子を見ます。
音の方は、大きさは変わりないようですが、プーンという低音の響きが出ているような気がします。(本体を棚にのせているため、棚板に振動が伝わっているようです）ちょっと気になる音…。
皆さんのようにHDBENCHなどのソフトでベンチ測定をしたことはないのですが、付属の簡易測定ソフトの結果では、整数演算が３倍弱、浮動小数点演算が５倍、メモリアクセス速度がなんと１０倍以上と出ています。(体感はまだよくわかりませんが…)
あとは発熱が心配なのですが、何かあったらまた報告させていただきます。