>CPUクーラーに関してはPL-PROII付属のものがそのまま使用できるのでしょうか。

そうです。
だけどリテール品の場合、CPUファンが外せない上
CPUファンの電源コネクタが(PC-98としては)特殊なので
生Socket370（CPUファンの金具をここに固定する）と
電源変換コネクタが必要になってやっかいです。

> リテール品の場合、CPUファンが外せない
良く解りません（汗

PL-Pro/II には２種類のパッケージが有りまして、黒ヒートシンクのものとゴールドヒートシンクのものが有ります。
ゴールドヒートシンクのものはＰＰＧＡを対象にしていますので、ＦＣ−ＰＧＡに使うと密着が甘くなり起動できないとか熱暴走が発生しやすいなどのトラブルに見舞われる事がありますので注意が必要です。

新グラデストさん、いーとんさんレスポンスありがとうございます。

＞黒ヒートシンクのものとゴールドヒートシンクのものが有ります。
黒ヒートシンクのほうならFC-PGA対象であり、そのクーラーがそのまま使用できると解してよろしいでしょうか。

ダウンロードした取扱説明書を見る限りは黒ヒートシンクの物はＦＣ−ＰＧＡに対応しているようです。
☆ただし、Ｎｅｏ−Ｓ３７０を挟むと使えないみたいです。

黒ヒートシンク版を使用しております。
ソケ８+「PL-Pro/II」＋「Neo-S370」の構成です。
Ｎｅｏ−Ｓ３７０を挟んでも、多少きつくなりますが使用可です。
ただし、厚みが増す分圧着力が高まり、コアを壊す恐れがあるので、テンションを
多少気をつけた方が良いのに加え、上のいーとんさんの指摘にもあるように密着が
甘くなり起動できないとか熱暴走が発生しやすいなどのトラブルに見舞われる
ことが多いです。（私もやられました）保護ＰＡＤは必須です。同封の追加
マニュアルにも装着するよ記載されています。（写真もＮｅｏ−Ｓ３７０付きのよう）