>元のＣＰＵが無い場合
同じ下駄で、CPUを乗せ換えた場合と言う事でしょうか？
確か、キッシュコントロールユーティリティはk6シリーズのライトアロケートやキャッシュ機能などを管理する物なので、たとえば、N2型の下駄の設定を変えて、K6-2から、K6-IIIに換えた倍は、インストールして使用しても、特にこれと言った支障は出ません。（ただし、当方が確認したのは、N2下駄に対してで、その他の下駄に付いては、違ってくるかもです。）

ＯＳの起動時にＣＰＵクロックによっては、起動しなくなる（ＷＩＮ９５）ために、ＣＰＵを元に戻して再インストールしてから、ＨＫ6ＣＴＬをインストールするんだったと思いますよ。
普通に起動している（もしくはＷＩＮ９８）なら、ＯＳのインストール後でよいですよ。

ひばりさん、toshiさんありがとうございます。補足しますとＣＰＵアクセラレータに
単純に交換し、元のＣＰＵは手元に無くてＯＳ（Ｗｉｎ９８）を再インストールしようと
思っています。　ＣＰＵアクセラレータはメルコの　HK6-MS366-V2SV　です。
またキッシュコントロールユーティリティのうち、ＨＫ6ＣＴＬのみインストール
できればいいので、「config.sysの１行目にＨＫ6ＣＴＬについて記述して、これに対応する場所にＨＫ6ＣＴＬをコピーする。」　このような方法でもいいでしょうか。

＞config.sysの１行目にＨＫ6ＣＴＬについて記述して、これに対応する場所にＨＫ6ＣＴＬをコピーする。
手動でなさるのであれば、オプションスイッチの設定に気をつけてください。
PC-98の場合は、15〜16MBシステム空間のライトアロケートを有効にしてしまうと起動出来なくなりますので注意です。
それと、最新のドライバなら、WINDOWS側での設定も出来ますよ。（このソフト内にconfig.sysへの登録機能が有るので、そちらで行なうのが安全かと思います。）

ひばりさん、toshiさんありがとうございます。
早速やってみます。