＞ＨＤＤを除き正常動作
というのは、どういう意味でしょうか？
ＨＤＤがまともに動いていないというのであれば、まずは何をおいてもＨＤＤを正常に動かすことですね。
その後は使用目的と予算によります。使用目的をはっきりさせた上で、それに必要な最小限の投資をするのがよいかと思います。

しかしまあ一般的には、メモリ（64MB以上）、ＧＡ、ＣＰＵの順でしょう。ＨＤＤは、ＰＣＩが１本しかないこの機種では、容量不足でない限りは標準のもので我慢というところかな。

過去ログ等を参照するのが一番良いのですが・・・お答えいたします。
まず、内蔵HDDは素の状態では4.3GBまでしか認識できません。一応、IOやメルコで販売している98対応の物を購入すれば保証も付くのでよいと思います。又、内蔵CD−ROMもPC98対応を歌っているIO／メルコの物を購入するのが良いです。CPUはメルコのK6-2又はK6III搭載のN下駄シリーズ等を採用しているアクセラレーターならＯＫです。
GAは簡単に入手できる物ですとIOやメルコから出ている「サベージ」を搭載したPC98対応の物ならいけます。メモリーは32MBでは厳しいと思いますので64MBぐらいにしてあげた方が良いですね。後、Win98が必要ですね。（リカバリーが付属しているならWin95のままでも良いですが、色々手を加える時面倒だったりするので予算が有ればOSを購入しても良いと思います。）
此処までが通常の方法だと思います。まぁ、此処まで手を加えると通常使用では問題が少ないと思います。
さて、これ以上ですと。まず、UIDEシリーズを投入する事によって大容量HDD等の搭載が可能になります。又、最近のHDD（66での転送ならUIDE66が必要ですが）やCD−ROM等の実力を発揮できると思います。又、DBIN20GT等のADVANCEBIOSを使用しての大容量HDDかも良いと思います。ただ、ADVANCEBIOS使用ですと「リセット」が出来なくなりますし、セットUPも面倒だと思いますし、入手されたV13ですとPCIが一つしか空いていないので「GA」「UIDE」のどちらかを取るしかないです。やはり、ご使用になる目的によってUPの仕方が変わるので「目的」を有る程度決め手からUPするのがよいと思います。後は、ご予算次第ですね。少ない資金でも有る程度使用できる環境には持っていけると思います。
後、上で挙げていませんがメルコの「IFCUSPM2」を使用すればSCSIを導入しつつSDATでIDEHDD等も使用できるので此も選択技に入れると幅が広がりますね。

かばさん。ありがとうございます。ＨＤＤはクラッシュしています。
ＩＤＥは最大何Ｇまで認識しますか？

因みに、有る程度の知識と情報収集力が有ればPC98対応を表示していない4.3GBIDEHDDやCDROM等を購入して使用する事は可能だと思います。もっと大容量化と高速化をしたいなら「UDIE」シリーズを購入して増設するのが確実ですね。ただ、素のままで搭載するならNEC／SONY/Pana/TEAC/HITACH等の物を使用するのがよいと思います。
前の投稿が、長文になり申し訳ないです。かなり、大雑把ですがこんな所だと思います。後は、用途次第ですね。