こんにちは、2GBと850MBの2ドライブを実装されておられるようですね
どちらか片方のドライブが足を引っ張ってるように感じますが
シングルドライブにして、どちらのHDDに問題が有るか、
切り分けされてはいかがでしょうか？

起動時のUIDE-98のデバイスチェックはHDDを認識していますか？

Xa9と言う事ですからPCIにバグのあるM/Bの可能性もありますが、UIDE-98自体が認識されていない場合は挿しているスロットを変えてみるとか、、
後は電源のヘタリによる電源不足によるHDDの認識失敗とか、、
関係無いかも知れませんがBIOSのアップデートをしてみるのも手でしょうか？

古いハードディスクならそういうこともあります

回答ありがとうございます。

＞シングルドライブにして、どちらのHDDに問題が有るか、
＞切り分けされてはいかがでしょうか？
このテストは行いましたがどちらのＨＤＤでも現象が発生します。

＞起動時のUIDE-98のデバイスチェックはHDDを認識していますか？
起動時のUIDE-98のデバイスチェックで認識しない場合、”システムディスクをいれてください”と表示されます。

＞後は電源のヘタリによる電源不足によるHDDの認識失敗
やっぱりヘタルんですね、電源。悲しいです。
ＷＩＮ３．１が出た頃から使って来たのでありえるかも。
ＰＣ−９８ｘｘの中古を探してきたほうが安く上がるのでしょうか？

＞古いハードディスクならそういうこともあります
ショックです。
ＨＤＤのＩＣが経年劣化したのでしょうか？
ＨＤＤの寿命ってどれくらいなのでしょう？

電源のヘタリはあくまでも予想ですので、、
HDDを購入して見て駄目ならより高性能な本体に載りかえるなんてのは・・・・・コストがかかり過ぎですね。
電源不足の検証なら増設機器を外してHDDも一台でテストすると解ると思いますよ。

　どもどもっ☆土野明日香です。

　多分吸着ですね。ドライブはWDではありませんか？
　私の所では、WDC31200がこの症状になったことがあります。
　高温多湿の日本では、よく起こる現象だとされていますが、最近はだいぶ改善されたようで。
　解決策としては「とりあえず叩く」でいいのですが、くれぐれもディスクに傷を付けないように水平方向から鉛直に叩いて下さい。
　なお、この吸着はしばらく使っていないと起こります。
　よく使っていても、何度も起こる（昨日動いていたのに今日は動かない等）ようであれば、ドライブの寿命だと思った方がよいでしょう。
　吸着を起こすようなディスクには、大事なデータを入れる気にはなれないでしょうから。

重ねて回答ありがとうございます。

＞電源不足の検証なら増設機器を外してHDDも一台でテストすると解ると思いますよ。

２台のＨＤＤのどちらでも同じ不具合が発生します。
ということは電源ではないということですね。

＞多分吸着ですね。ドライブはWDではありませんか？
メーカーはＱｕａｎｔｕｍです。
吸着という現象は初めて聞き、調べてみたところなんとなく、私もそれが原因のように思います。
というのは電源を通電してから３０分〜１時間ほどしてから電電を再投入するとＨＤＤを高い確率で認識したからです。
参考までに温度や湿度と不具合の発生する因果関係はあまり感じられません。吸着の定義からするとなんとなく関係ありそうですが。
　長い期間電源を投入しないと吸着が発生するとのことですが、仕事に使っている筐体でして、毎日電源は投入しています。
　不具合発生頻度はほぼ毎日なのでおっしゃるとおり寿命かもしれません。（悲しいです）
　ただ、発生頻度はそれほどでもないですが、同じ不具合が発生していたＨＤＤを他の自作マシン（電源３００ｗ）に組み込んで使っており、その筐体ですと不具合が発生しません。
　吸着していると過渡的に電源を食うのでPC-9821Xa9だと不具合が発生すると推測しているのですが、どうでしょうか？
　ＨＤＤって密閉構造だと図解本などにでていたので今回のことは勉強になりました。
（そういえば、工場出荷時だとビニールの袋に入って乾燥剤が同封されていたような憶えが。このためだったのでしょうか？）
しかしスピンドルモータが動かないなどのエラーをＨＤＤが返してくれれば親切なのにって思ったんですけど、どうでしょう？

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参考までに調べた吸着の定義を記しておきます。

HDD を使用していないで放置している間に, ヘッドが媒体に付着してしまい, スピンドルモータを起動できなくなった状態を吸着と言います.
装置仕様で規定された温湿度範囲を超えた高湿度条件で長時間放置された場合や, 結露を生じた場合に, 吸着が発生しやすくなります.