diskinitしたときのドライブリストに、問題のHDDが出てこないということですか？
それは（HDDが作業中にこわれたのでなければ）接続の問題です。
コネクタのゆるみ、マスタ／スレーブの設定などを確認してください。

IDE HDD の場合は本体オンボードインターフェースに接続しないと Diskinit で認識できませんが、接続先はＯＫでしょうか。

時間がかかるけど、物理フォーマット。

本当の意味の物理フォーマットというのは、そう簡単にできるものではありません。また危険を伴います。
AT機で使っていたHDDを98につなぐという目的のためには、diskinit（UIDE接続の場合はUIDE付属の初期化ユーティリティ）で充分です。かつて98で使っていたHDD（＝規格上98で使用可能なHDD）であれば、そしてAT機で普通の使い方をしていたのであれば、diskinitできるはずです。

　どもどもっ☆土野明日香です。

　かばさんが言われているように、物理フォーマットというのは、IDEの場合素人には不可能ですね。
　専用の冶具を剥がしちゃダメシールの下にある専用孔に差し込んでやらないと、できませんから。
　よく「トラック情報まで消してしまった」という書き込みをされる人がいますが、普通の使用状態ではどうやってもできるわけがないのです＜ローレベルフォーマット

みなさんアドバイスありがとうございます。
接続はオンボード接続で２台の９８につなぎましたがダメでした。diskinitはwin95dosのFD立ち上げでやってみました。ＨＤは９８付属のものではないですが、依然９８で使っていたもので、その後DOS/Vで使用しました。現在もDOS/Vでは何ら問題もなくFDISKかけられます。DISKINITすると、接続の番号？がでないのです。
電源ONしてからちょっとの間HDのランプはつきますがその後は消えます。消えてからFDが立ち上がります。最悪の場合シールをはがし物理フォーマットしようかと思いますが、どうすればいいのでしょう教えて下さい。＜土野さん

＞電源ONしてからちょっとの間HDのランプはつきますがその後は消えます。消えてからFDが立ち上がります。
これは、それで正常です。
diskinitを実行すると、「現在接続されている装置は／　１：固定ディスク　＃１／です。．．．．」のようにHDDのリストが出るはずですが、このHDリストが出ないということですね。
念のため一度「ESC-HELP-9-リセット」をやって、プライマリマスタに１台だけ接続の状態でＦＤ起動してみてください。コネクタの接続はもう一度確認してください（マザーボード側も）。
それでもダメならば、本体の機種名、HDDのドライブ名称、容量など、できるだけ詳しく状況を教えていただけませんか？　現在ＡＴ機のWindowsからは使えるということであれば、物理フォーマットなどせずに９８でも使えるはずです。

　どもどもっ☆土野明日香です。

>>最悪の場合シールをはがし物理フォーマットしようかと思いますが、どうすればいいのでしょう教えて下さい。＜土野さん

　冶具だけでなく、専用のドライブコントローラが必要ですから、メーカーの工場に戻さないとできないと思います（トラックのサーボ情報などを書き換えるための機能であるため）
。
　基本的に、ユーザーではできないと考えておいて下さい。
　というより、今回の症状で物理フォーマットを行うことは無意味です。
　手についた汚れを落とすのに、皮と肉をひん剥いて骨だけにして「これで汚れがなくなった」と言っているようなモノだと理解して下さい。

かばさん、土野さんありがとうございます。
強制的な物理フォーマットはダメですか。今わかっているだけでは、機種は9801BX4(150Mhz5X86)と9821XA10(Winchip240Mhz)です。ＸＡの方にはUIDE98があります。しかしオンボード側、 UIDE側につないでもダメです。ＨＤはデータ用として使おうと思ってまして５４０Ｍｂの小さいものです。メーカーは次回にアップします。（名のしれているＨＤでした。）
前回も書きましたが、ＦＤで立ち上がるまでかなりの時間がかかります。たぶんＨＤをチェックしているんだと思うんですが．．それからdiskiniはwindowsのcommandにはいっているファイルですよね。＜確認　dos6のformatでもだめだし。

どうも、HDDが壊れているか、ケーブルが壊れているかしているようです。とりあえずケーブルだけでも取り替えてみてはどうでしょうか。

＞UIDE98
をお持ちとのことですが、UIDE98接続の場合は（AT互換機のように）起動時に接続されているHDDが表示されますね。この表示の中に、やはり現れないのですか？
dos6のformatも試みられたようですが、やはり対象ドライブとして現れないのかな？

何をやってもそのドライブが「接続されていない」ことになっている、というのであれば、普通はそのドライブがこわれていると考えることになりますが、そのドライブが現時点でAT互換機で使えているというのであれば、これは私の理解を超えている「何か」が起こっているとしか言いようがありません。（自分で調べてみたい感じ）
ドライブのジャンパの設定は、まちがいないですよね。

なお参考のため申し添えますが、いまAT互換機で使えているHDDであれば、普通はそれをPC-98につないだだけで、PC-98のWindows上からはその中のデータを読み書きできます。データドライブとして使うだけなら、（保証はありませんが）こういう使い方もあります。接続されていないことになっている現状では、たぶんダメでしょうが。

お騒がせしています。
ケーブルは取り替えていませんが、別なＨＤはそのケーブルで問題はないようです。
ＵＩＤＥ９８には繋いでみてませんので、早速やってみます。dos6のformatでも「このシステムでは使用できません」とか？出たと思います。
ＨＤがやはり壊れてしまったのでしょうかねぇ〜。ＨＤはウエスタンデジタルのCaviar
2540 でICMで商品としたものでしょう。ICM INTER DR-540 です。
明日にもう一度やってみます。こんなにみなさんにお騒がせしまして申し訳ありません。

　どもどもっ☆土野明日香です。

>>強制的な物理フォーマットはダメですか。

　ダメと言うより、目的が違うと言うことですね。
　症状からすると、ドライブのネゴシエーション自体で転けているようですので、フォーマットは一切関係なく、ハードの問題のようです。

>>今わかっているだけでは、機種は9801BX4(150Mhz5X86)と9821XA10(Winchip240Mhz)です。ＸＡの方にはUIDE98があります。しかしオンボード側、 UIDE側につないでもダメです。ＨＤはデータ用として使おうと思ってまして５４０Ｍｂの小さいものです。メーカーは次回にアップします。（名のしれているＨＤでした。）

　実は、PC-9821の内蔵IDE-IF、またUIDE-98では絶対に認識しないドライブが存在します。
　うちではWD-AC31600がそうで、内蔵IFで波紋だいなく認識され起動するのに、UIDE-98てに繋ぐとマシンが立ち上がらなくなります。
　UDMA転送を切ってPIO転送にしてもダメなので、ドライブとIFのネゴの部分で何かあるのでしょう。
　もう一つは、特定のPC-9821のIFでは認識しないケースです。
　うちですと、V200とXa13/W12のマザーがそれで、他のマシンで認識されているドライブが、どうやっても認識されませんでした。
　どうも、タイミングなどでドライブ側のデータがロストしているようで、起動にやたら時間が掛かった後、FDDが２基と表示されます。

みなさん多数のアドバイスありがとうございました。
もう一度確認しながらＸａ１０に繋いでみました。結果はオンボードではダメで、UIDEでスレーブに繋いだときだけ初期BIOSが認識しました。プライマリー、セカンダリーのどちらでもスレーブのみでした。そしてDISKINITできましたが、スレーブからはSYSがあっても立ち上がらないんですね。dos/vでフォーマットした後はスレーブならば9821でも中は見れました。再度dos/vでフォーマットするとマスターでも認識し立ち上がるんですが．．。もしかするとマスターの所のピンかと思いましたが、それも違うし、以前にIBMに繋いだときに基板のほうで本体とアースされちょっとショウトしたかと思ったことがありました。それかなぁと思ってます。いずれにしてもだいたいの原因が分かりましてホッとしています。みなさんありがとうございました。また、なにかありましたら宜しくお願いします。