MD533はK6-2/533MHz、MD533PはK6-2+/533MHz（どちらも500MHz版のオーバークロックらしいですが）を採用しています。K6-2+は128KBのセカンドキャッシュをCPU内部に搭載しているため、同クロックのK6-2よりもかなり高速です。メモリアクセスの遅いPC-98ではCPUに内蔵されたセカンドキャッシュがその弱点を多少は補ってくれるようですので、性能重視ならK6-2+搭載品を選ぶべきでしょう（更に理想論を言えばK6-2+より更に高速なK6-IIIを採用したHK6-MS500-N4なる製品がありましたが、今は入手困難です）。

UIDE-66に接続するUltraATA66対応HDDはIBMのDTLAが人気がありますし一番無難な選択ではないかと個人的に思っています。メモリはCt20でしたら72ピンのパリティ無しのEDO SIMMが使えると思います。予算に余裕があればアイ・オー・データ機器やメルコから対応したメモリが発売されているはずなのでそれを選んでおけば問題ないでしょう。じゃんぱら等で時々安価に使えそうなメモリが出ることもありますので、安くあげたい場合はリスクを覚悟でこのようなパーツを買うのもいいかもしれません（この場合動かなくてもお金は戻ってきませんが・・・）。

ただ、すぐ下のスレッドがまだ残っていますので、新規ではなくこちらで続けるべきだったのではと思います(^^;;)。

HK6-MD533P-NV4 の方が良いでしょう。
PC-98 は バスクロックが 66MHz と遅く、使用されているチップセットもかなり古い物となってしまいましたからオンボードＬ２よりオンダイＬ２が少しでも多い方が有利です。

ＨＤＤに関しては U-ATA66 対応の物で出来れば 7,200rpm の物を選ぶと良いでしょう。
DTLA3050** だと 5,400rpm のモデルですが、１世代前の 7,200rpm モデルと遜色が無いと言われていますので此を選ぶとコストパフォーマンスもそこそこ良いです。
☆DTLA3070** も値段が安めですから大差ないかもしれませんけどね（笑

大方は、上のお二方が行ってるので、一つだけ。

UIDE-66は、PC-98で使用する上では、上限が、32だか、30GBとなるので、30GB以下のものにした方がいいでしょう。

メモリはEDO DRAM SIMMの同容量のものを2枚1組で取り付けます
パーツ屋で売っているPC/AT互換機用のメモリでもEDO SIMMなら使えるようです

Ct20なら標準で16MBのメモリが2枚ついているのでここに32MB×2枚を足し、96MBにするのがいいです
128MBにするには32MBのメモリを4枚取り付けることになりますが、これだと標準でついているメモリを捨てることになるのでもったいないです

ハードディスクは速度より容量を重視するならCt20なら標準でSCSIボードがついているので外付けのSCSIがいいかも
SCSIボードを外してUIDE-66にするのもいいけど、それだと標準装備のCD-Rが使えなくなるし

＞すうのまま交換だから繋ぐだけ。
「すう」ってのが何か解らないですがCt20の内蔵I/Fは4.3GBの壁が有るので30GBのHDDを繋ぐとハングアップしますよ。

＞↑が有ります
了解です、が少し補足が必要ですね(汗)

＞すうのまま
「素のまま」・・・ではないですかね？
だったらそんなに方言でもないかと。
ゴミ失礼。（＾＾；

UIDE-66とU-ATA66対応のハードディスクの組合せにすると標準装備のCD-Rが使用できなくなるんですか？とゆーことはCD-Rをそのまま使用するとなると高速化を考えて標準のSCSI-2のインターフェースボードを取り換え、高速の外付けＨＤＤを付けるとゆーのがベストなのでしょうか？その場合ＨＤＤに容量制限は発生しないのでしょうか？

Ct20は本体に2本有るPCIスロットにSCSI2ボードが実装されいてそれ経由でCD-Rドライブが接続されています。
HDDは本体内蔵のI/Fに接続されていますがそのI/Fは4.3GBまでの容量制限と転送スピードが遅くCPU負荷も高いのでパワーアップにはそれ以上のパフォーマンスを持ったI/Fを追加する必要があるのです。
それがUIDEシリーズですが、前記したように2本しかないPCIバスのうち1本は既にSCSIボードで埋まっている為ストレージ系で2本ともPCIスロットを占領してしまうのはいささか勿体無いと言う事ですね。
速度ではUIDE-66が一番良いがPCIが埋まってしまい(または別途ATAPIのドライブと交換)、IFC-USP-M2はSCSI2と交換でSCSIもIDEも使えるが速度は14MB/sまで、SCSI2ボードそのままでの外付けでは7MB/s・・・・といった感じでしょうか。

下のパワーアップ例と照らし合わせて何が必要なのかを考えてどのようにするか決める必要がありますね。

余っているPCIスロットにUIDE-66を接続してHDDを増設するだけなら、
CD-Rはそのまま使用できるということでしょうか？
その場合の具体的なデメリットを教えて下さい。

本体標準のSCSI-2インターフェースボードを抜かなければそのまま標準のCD-Rを使いつづけることができますが、その場合SCSIボードとUIDE-66でPCIスロットが2つとも埋まってしまいます。Ct20は標準搭載のグラフィックアクセラレータがProVidia9685と古いですが、PCIスロットに空きがなければ描画速度や表示モード等に不満を感じてもパワーアップできませんし、USB機器が使いたくてもUSBインターフェースを導入することもできません。PCIスロットの使い道は自分の用途と不満点をよく考えた上で決めた方がいいと思います。