いつもお世話になっております。

以下の環境でHDDを電源投入時、認識しないことがあります。
本体をたたいたり（まるで安物家電のよう）、電源を投入して約３０分後HDDを認識します。
また、HDDを２台接続していて、たまに片方が認識できなくなります。その際、HDDを一台にしてやると認識します。

本体 PC-9821Xa9
IDEカード UIDE-98
CPU WinChip2（下駄無し、ＣＰＵファンにて冷却）
HDD　　　　850MBのものが一台

１年ほど問題なく運用してきて、半年ほど前からシステムのHDDがクラッシュするのが３ヶ月に一回程発生するようになり、最近上記のような症状が出始めました。
uideカードの不良かと思い、メーカに似たような事例がないかと問い合わせたところ、ないとのことでした。
（ボードが不良か否かの判定はHDDがIO-DATAの物でないため見てもらえませんでした）

一時期、HDDを４台本体に内蔵して使っていた時期がありまして、電源が疲労してしまったのかと思い、テスタにて５ｖ、１２Ｖの電圧を測ってみたところ問題はありませんでした。
（オシロスコープを持っていないので質はよく分かりませんが）

以下の２つの改造（？）をしていたのでマザーかUIDEカードが弱ってしまったのかな？とも思っています。

　UIDEカードから本体のＨＤＤアクセスをＬＥＤを点灯するようにしてしていた。
バッファなし、直づけ。今は外してあります。
　山洋のCPUファンを回す際、ファンがトランジスタにてファンの回転をコントロールするようになっていたので、コントロール端子に５Ｖを直結した。
電流制限抵抗を入れた方がよかったかな？と思っていますが今もってそのままです。

なにか似たような事例をご存じの方、情報をいただけると幸いです。