本体側のオーバークロック改造と、CPUアクセラレータの改造を同時にやってしまうと
何かトラブルがあったとき（というか、最初はきっと何か障害が発生するでしょう）に、
原因がどこか分からなくなるので、まずはそのBXが
ベースクロック30MHzに耐えられるかを確かめるのが先だと思います。
実際、25MHzは大丈夫でも30MHzにするとおかしくなる機体もたくさん見つかっています。

周波数を変えたら、標準装備の486SX-20を取り去るか動作を停止させて、
黒いソケットにDX2-66かDX-33を入れて実験してみましょう。

P.S.
9801BXもintelDX4も、"X"は大文字ですよ

そうですね。SX−２０MHｚは４０MHzにしても動く場合が多いようで、ｓｘで動作を試せると思います。それはそれとして設定方法は・・・。

iDX4では3倍以下の逓倍率も設定可能なのは間違いないですが、インテルのサイトで
検索しても、データシートはもはやアップロードされていないようです。
（探し方が悪いのかもしれませんが・・・以前はi****とチップ名を入れるだけで
　関連pdfがたくさん見つかったのに。古い文書は処分されてしまったんでしょうか)
それでもPGAのiDX4なら、昔流行ったSocket1〜3にiDX4/Am5x86を載せるための
降圧アダプタの逓倍率切り替えピン周りの結線を追えば解明できるでしょうが、
問題のEUB-F上のiDX4がQFPだった場合は難しいでしょう。

さらに、EUB-F上の1.5倍速回路はメルコ独自設計なのは間違いないわけで、
ものの性質からして、説明書にある以上の情報は一般には公開しないでしょう。
そう複雑な回路ではないはずなので、絡んでいるGALを全部外して論理を解析すれば
等倍に落とす方法も発見できるのかもしれませんが・・・
今更果たしてそこまでやるかという根本的問題もあるわけで(苦笑

>SX−２０MHｚは４０MHzにしても動く場合が多いようで、ｓｘで動作を試せると思います

まずマザーボードの耐性を確かめるというときに、その考え方はどうかと思います。
あの時期のSX-20だと、結果的に33MHz以上の動作に耐えることが多いのは事実ですが、
それはあくまで結果論です。