＞しかしポンプの連続運転大丈夫なんですか？
風呂の水汲み用ポンプは、連続作動に（つまり常用使用に）向かないと言うことを聞いた事が有ります。
質問のレスで無く申し訳無いですが。

ダメ元ですけども。
ケーブル類を、筐体・パソコンラック・壁・床など に接触しないように、
空中に浮かしてみるとか。

また、どのようなノイズが入るか分かりませんが、
スピーカーとの間に、イコライザやノイズゲートを接続して、ごまかしてみては？
( ↑ 音質が変化してしまいますけども )

モーターは非常に強力なノイズ発生源なので、本体はシールド板で囲み、電源ラインにもノイズフィルターを直列に入れる必要があります。

フェライト・コアの使い方に問題があるのではないでしょうか？
＞スピーカーの電源ケーブルとオーディオケーブルにフェライトコア
スピーカーやオーディオケーブルからノイズが乗るのではなくて、
主電源ケーブル（コンピュータ）からノイズが乗るのではないでしょうか？

使っているフェライト・コアはドーナツ型を２つに割ってカパカパ付けるタイプ
ではないでしょうか？
このタイプのフェライト・コアは効果がほとんどありません。
ドーナツ型で割れてないものを使いましょう。

ポンプを分解してノイズの出る発信源を見つけた後、並列にセラミックコンデンサをつけるとポンプからのノイズの元が取れます。それでもノイズが乗るときは、コンデンサの容量を増やしてください。

アマチュア無線などの本を読むといいと思います。無線はノイズの影響を受けやすいので、
とてもうまい方法で回避する人の体験談がたくさん載っています。

出来れば、モータの両方の電極とモータの金属ケースとの間に０．０１μＦ程度の積層かセラミックコンデンサを挿入してみて下さい、（半田付け）モータの電極とモータの金属ケースに直に付けなければ意味なし、ですが防水性を考えると・・・・・無理臭いのでトロイダルコアを使ってノイズ殺して下さい。

皆さんレスありがとうございます。
えーっと、やり方としては、
・ドーナツ形のトロイダルコアというのを買ってくる。
・それにポンプの電源コードをぐるぐる巻き付ける。
で良いのでしょうか？
間違っていたらご指摘ください。

ＰＳ・連続使用の件ですが、今のところ特に問題は起きていません。
そういえばこの前ポンプの勢いが強すぎて冷却液が飛び散ったことがありましたね・・・
これは酷い目に遭いました・・・床中緑色・・・（友達の中ではでは臨界事故と呼ばれています・・・）

トロイダルコアなどで減衰させるのではなく、
YUさんやCasper-01さんの仰るように「元から根絶」する方法を
とった方が良いと思います。
＃NHKの新電子立国でもモーターやリレーなどに徹底的にコンデンサを
＃つけまくっていたと言う逸話が紹介されてましたね。

そもそも連続運転に向いていないということと、
周りにひどいノイズ（妨害電波）をまき散らすということは深く関係しています。
どういうことかというと、そのような洗濯用水汲みポンプのモータは
火花が飛ぶ部分（ブラシ）があるモータであるということです。
簡単に言ってしまえば、ミニ四駆や模型で使うマブチモーターを
大きくしただけの代物なのです。
この種のモータのブラシの部分では回っている間じゅうバリバリ火花が飛んでいて、
擦れる電極部分がどんどん摩滅していっていずれ動かなくなります。
連続運転に耐えられないというのはこういう意味です。
言うまでもないですが、パソコンにも使われる各種空冷ファンや
HDDのスピンドルモータなどはブラシレスモータであり、構造が全く異なります。
火花由来のノイズは出しませんし、はるかに信頼性が高いです。

今回の場合、用途が冷媒ポンプということですので、停止は即、CPUの過熱焼損に
つながります。
ヒートシンク上のファンが止まっただけなら、まだヒートシンク自身からの放熱が
期待できますが、水冷ヘッドだとそれは全く当てになりません（逆に保温してしまうかも）。
これからどんどん暖かくなってきますし、火花ノイズ対策に泥縄的工作をするより
他の種類のモータに替えることを強くお薦めします。
例えば、観賞魚用濾過器のポンプに替えるだけでもはるかにましです。
これは元々連続運転用に作られていますし、火花由来のノイズも出しません。
但し、単なる交流誘導モータで漏洩磁束が多いので、CRTから離すか
鉄板で仕切るかしないと画面が揺れます（液晶ディスプレイなら関係ないです）

〜補足〜
逆に質問してしまって申し訳ありませんが、CPUの水冷用冷媒を
わざわざエンジン用冷却液に替えた、そもそもの意図は何なんでしょう。

エンジン冷却液にいろいろ混ぜ物がしてあるのは、
融点を下げて冬場の凍結を防ぎ、真水を使った場合に心配されるエンジンの腐食を防ぐため
であって、その混ぜ物によって冷却効率が水より良くなっているわけではない・・・
と思うのですけど。
そう考えると、冬場の凍結も錆による腐食もパソコンのCPUとは直接関係なさそうですし、
ただの水に戻して問題が解決するなら、それも手かと思うのですが。

＃私は車やバイクには詳しくないので、冷却液については勘違いかも知れません（汗

皆さんご指摘どうもです。
それなら、「水槽フィルタ用循環ポンプ」ならＯＫでしょうか？
（今日ホームセンターに行ったら売っていたので・・・・）

＞ほへさん
え？そうなんですか？！
てっきり熱伝導率が上がるものとばかり思っていたのですが・・・・・
ちょっとショックです・・・・・-_-;;

＞冷却水
物によっては、水より下がる物もあるそうです。
普通の不凍液よりは確実に下がります。
内容物は分かりませんが。アルコ−ルが数％混入してるかも
ク−ルリキッドだか、リキッドＱだったかな？
必要なら車、バイクの洋品店、ホ−ムセンタ−をお探しください。
不凍液よりは確実に下がります。
水との比較は出来ませんが、アルミエンジン用不凍液と交換して
私のバイクの水温は下がりました。
＃自分のレ−ス車両は、かかるコストとの兼ね合いで水を使ってます。
＞今までのポンプでは圧力が足りず、うまく循環しませんでした
不凍液は粘性がでますので、薄めるか、水で問題が無ければ元に戻すかがよろしいかと
水冷ユニットの腐食は関係ないのですよね？

熱容量が大きく、かつ同じ流速が確保できるなら冷却能は上がるでしょう。
しかしエンジン冷却液では粘凋製が高く、プラスマイナスで考えるとマイナスかもしれません。
機材の規模に応じて、ベストチョイスは変わってくるものだということは
念頭に置いておいた方が良いでしょう。