えーと、なぜPC98とDOS/V用に棲み分けされているのは、パソコンが搭載できるHDDの
容量の限界値が違うからです。一般的に98は4.3GBまでが限界です（あと16HEAD限界）
それを打開した製品が㈱メルコ様が発売されたアドバンスドBIOS搭載HDDです。
4.3GBまでしか積めないパソコンが容量制限がなくなるという仕組みです。
しかしソフトリセットができないとか標準IDEコントローラで制御するので速度は遅いです
僕的にはメルコHDDを積んで残りの貴重なPCIを有効活用したほうが有益です。
UIDEは440BX標準IDEコントローラーよりパフォーマンスは悪かったと思います。
まあ、こんなところでしょうか

お使いの機種が青札（全面パネルに青いロゴがある）のようなのでＤｏｓ／Ｖ用のＨＤＤでも９８用のＨＤＤでもどちらでも３２Ｇまで使うことができます。（一部には８．４Ｇ迄しか認識しない機種もありますが８．４Ｇまでは使えます。）次にＨＤＤのＤＯＳ／Ｖ用と９８用の違いですがこれはそれぞれの機種用にＦＯＲＭＡＴされているだけで中身は全く同じものです。つまり９８でＦＯＲＭＡＴすれば９８用になります。
方法は
ＯＳがＷｉｎ９５、９８でしたら生ＤＯＳ（起動途中にＦ８かＣｔｒｌを押してコマンドプロンプトのみ）で起動してからＤＩＳＫＩＮＩＴを実行してＦＤＩＳＫでパーテーションを区切ってＦＯＲＭＡＴしてください。
ＭＳ－ＤＯＳ６．２などを持っていたらそちらのＦＯＲＭＡＴ．ＥＸＥを使って装置全体を初期化してから領域を確保してください。

もうすでに解説されているようですね。すいませんごみレスでした。

詳しい説明ありがとうございました！これを参考に、Ｖ２００を更に愛でていきたいと思い
ます。識者の皆様、ありがとうございました。

>UIDEは440BX標準IDEコントローラーよりパフォーマンスは悪かったと思います。

そんなことは無いと思いますよ。
内蔵IDEはPIO4(3でしたっけ？(^^; )で動くのに対し
UIDE-98Mは最大UDMA33で動きますから…

440BXのサウスブリッジのPIIX4EはUltraDMA/33に対応してますよ