関係あるか分かりませんが似たようなことがありました。
Ra40、Windows 2000 SP4、UIDE-66につなげていたNTFSフォーマットの東芝のMK1214GAP(ノート用 12GB)をCENTURYのCAC25U2(USB 2.0の外付けケース)につなげようとした時のことです。
http://www.century.co.jp/products/cac25u2.htmlRa40からMK1214GAPをはずしてCAC25U2に内蔵、Windows 2000 SP4のAT互換機のUSB端子につなげて、ディスクの管理からFAT32で領域確保、フォーマットをしました。領域確保は基本領域・拡張領域を試しました。
AT互換機では正常に読み書き出来る物の、それをXv20、Windows98 SE、Chanpon2につなげたら、領域は認識する物の書き込んだファイルを認識しなかったり、フォーマットされていませんと言われたりしました。
この時はAT互換機の標準IDE端子につなげて、一度領域解放をした後に、領域確保、フォーマットをしたら、AT互換機でもXv20でも読み書き出来るようになりましたした。
UIDE-66につなげたまま領域解放をするのを忘れていたのに気付いたのは、きちんと使えるようになった後のことでした(^^ゞ