PIO利点：プログラムロジックによる制御方式なので機種依存性が低いです(と、いうより初代のSCSI概念)。PIO欠点:おそらくNECの標準IDEより重く遅いです。SMIT利点：Cバス転送速度では最狂です(爆)。というのも原理的にはPIOと同じですがその制御をボード上のTipが行い、転送制御もボードが握ります。SMIT欠点：まとめて処理し、まとめて転送する・・・こんな感じなので一定した転送レートが保証されません。
こんな感じかと・・・間違ってたら識者の方"ふぉろ～"を お願いします(汗)。しかし、スキャナ～如きに最強のSCSIホストアダプタを選択するのはどぅかと・・・スキャナは結構、相性問題を起こす"わがまま系"デバイスですので、動作保証のあるホストアダプタを選択されてはどうでしょうか？後々CD-RをＣバスSCSIで・・・なんて考えが無い限り保証のある製品にしましょう。ちなみにアダプについてですが個人的には「98系を造らせたら世界一××なメーカー」と考えてます(あくまで個人的主観です)＞かなりゴミ？

やっぱり購入予定のスキャナの動作が確認されてるものを買うのがよろしいかと。

以前はＶ２０Ｍ７、今はＶ２３３Ｍ７にI-O DATA SC-98Ⅲ(PnPモード)を挿しています。
使用スキャナーはＥＰＳＯＮのＧＴ７０００を使用していますが問題は起こっていません。

98用CバスSCSIは、初期の55/55L/55Uなどは98内蔵のDMAコントローラで転送を行う方式でした。次にCPUが転送を行う方式（IO転送）になります。
その後、ボード上のコントローラでBusMasterを行う転送方式が流行り、現在のSMITに至ります。
IO転送の速度は確かに遅いですが、機種依存が無くCPUを交換していても安定して動作する点が利点でしょう。PC-9801-100やAHA-1030P/BではDMAを使用しないのでDMAが足りなくなる問題も有りません。
SMITですが、CPUからはメモリアクセスで転送出来る様にSMITコントローラがメモリマップドIOを制御しています。IOアクセスでは無くメモリアクセスで転送を行うので、IO転送を行う際のオーバーヘッドが無くなり高速に転送できます。高速なのが利点ですが、CPU占有率が高くなる為、同時に動作させている他の処理が遅くなります。
スキャナーを接続したいのであれば、メーカーに動作確認してみてください。（スキャナーメーカーとSCSIボードメーカー両方に）
なお、AdaptecはWindows98での動作を保証していない様なのでAHA-1030P/1030Bを買った場合にサポートしてくれるかどうか不安だと思います。AT互換機の世界ではAdaptecですが98の世界ではMELCO,I-O DATAの製品が良いと思います。

何を持って最強と言うか様々(HDDの接続容量ならメルコのIFC-NNでしょうし、負荷の低さと高速性の両立なら亡きICMのIF-2769や緑電子のMD-926RSあたり)だと思いますが、速度に拘らないなら92ボードという選択肢も有りそうですね。
だいたい、ほとんどのCバスボードは、92互換パラメータを採用している事を考えると、92ボードこそある意味、最強かもしれません。