かなり嬉しいです！
今後は少しずつ改良していこうと思いますが、
とりあえず正常に動いている現在の状況を以下に・・・。

・使用している下駄　→　玄人志向　HK6-NV4
・使用しているCPU　　→　AMD　K6-2+ 533MHz
・下駄の設定　→　SW-1　On On Off On Off Off
　　　　　　　→　SW-2　On Off On Off Off On
・その他　→　ピポ音がすごく早い
　　　　　　　６０×２×４.５＝５４０
　　　　　　　位相　−１で安定
　　　　　　　製造年月　１９９４年７月
　　　　　　　BIOS Rev. 0.16

・動作確認OS　→　Windows98SE
　　　　　　　　　Windows98
　　　　　　　　　Windows95
　　　　　　　　　MS-DOS 6.20

★ ★ ★ HDBENCH Ver 3.40 beta 5 (C)EP82改/かず ★ ★ ★
M/B Name PC-9821Xa /U8W
Processor AMD K6-2+ 539.97MHz[AuthenticAMD family 5 model D step 4]
Cache L1_D:[32K] L1_I:[32K] L2:[128K]
Name String AMD-K6(tm)-III Processor
VideoCard GA-PII8/PCI
Resolution 1024x768 (16Bit color)
Memory 97,796 KByte
OS Windows 98 4.10 (Build: 2222) A
Date 2002/05/31 15:20

SCSI = MELCO Ultra SCSI IFC-USP
HDC = CND-4FB CD-ROM & ATA HARD DISK Driver

A = MELCO DSC-GT 1 Rev 2.06
B = MELCO DSC-GT 2 Rev 2.06
C = MELCO DSC-GT 3 Rev 2.06
D = GENERIC NEC FLOPPY DISK
E = GENERIC NEC FLOPPY DISK
Q = PIONEER CD-ROM DR-124X Rev 1.02
R = MELCO CRWSU-B1610H Rev 1.03

ALL Integer Float MemoryR MemoryW MemoryRW DirectDraw
9880 25941 16769 4555 1277 3974 29

Rectangle Text Ellipse BitBlt Read Write Sp Drive
10989 13505 4959 73 14840 14767 2336 A:100MB

と、まだ研究の余地があるように思います。
なお、標準のGAでも動作しました。
雷獣王GRIFFONさんのおっしゃっていたとおりに
セカンドキャッシュがかなり熱くなります。
なのでセカンドキャッシュとチップセットに
ヒートシンクを貼り付けています。
雷獣王GRIFFONさん、FLAKPANZERさん、あさしさん、
情報のご提供をありがとうございました。感謝です。