98Liteのなかでもieの削除を専門に行うツールが有ります。
98Lite(
http://www.98lite.net/)の中の
http://www.98lite.net/から
IEradicatorをダウンロードしてinfファイルをインストールしてください。
ieを削除してくれます。なお、WIn98/Win98SE/WinMeで有効なinfファイルです。
かなり効果あると思います。
Windowsは起動時にieのコンポーネントを読み込むのでieが無くなるだけでも
起動時間が大分違います。しかも動作も若干ですが軽くなります。
Netscape6を入れれば問題なくWindowsUpdateのページも見れるので
動作するのではないかと思います(私はアレ嫌いなので使っていないのですが)
Windows98のコアはWindows95OSR2.5+ie4+α程度なので95に戻すよりは
98LiteやIEradicatorを使った方が良いと私も思いますよ。