WINDOWS UPDATEのサイトに電源が自動的に切れないのを修復するデータがありますので、まずはそれをインストールですね。
　正確には　3188: Windows 98 Second Edition シャットダウン問題の修正 (バージョン 4,10,0,2222) です。お使いのマザーもしくは、メーカー製なら型番を書くとより速く解決できます。この問題はViaチップのマザーでよく起こると聞きます。

９８⇒ＳＥアップデートは、ＳＥクリーンインストールと明らかに挙動が違います。
まず、ＢＩＯＳがアップデートされていないか、チェックするのが先決ですね。

上記のサポートページはここですね。
http://www.microsoft.com/japan/win98/downloads/shutdown.htm
自分のマシンが該当するか確認してみてから適用してください。

レスありがとうございます。ウインドウズ　アップデートに行きましたらWindows 98 Second Edition 「ドライブのマップで Windows がシャットダウン時に無応答になる」問題の修正プログラム.htm
という”260067UN.INF”をインストールしました。結果だめでした。
何がげんいんかわかりません。ちなみに自分のパソコンは自作機で、MBはギガバイト製の
GA−６VXE７＋というVIAアポロプロ１３３仕様の分です。
それからDEN_EI@管理人 さんのアドバイスにある　
http://www.microsoft.com/japan/win98/downloads/shutdown.htm
のなかの4756ja8.exeというプログラムもインストールしました。

お手数ですが、よろしくお願いいたします

う〜ん、辛いですね。　http://homepage2.nifty.com/winfaq/　にWINDOWS全般の解決法が載っています。シャットダウン関係も多く載っていますので参照してください。ご健闘を祈ります。

どうも。時間がかかると思いますが、色々がんばってみようと思います。