私はV13を持ってませんが、WIN2000のインストールは可能なはずです。http://121ware.com/の「サイトマップ」（ページ右上の右から２番目のアイコン）→「レスキュー」の「サポート情報/ダウンロード」の中の「NEC PCセットアップガイドfor Windows 2000」のリンク先をたどってV13の場合のインストール方法を参考にしてみてはいかがでしょう。
WIN2000は製品版ですか？アップグレード版ですか？製品版についてはわかりませんが、アップグレード版だとCDは、PC/AT互換機用とPC9800シリーズ用があります。インストールCDを間違って使っているということはないですか？外していたらゴメンナサイ。

１枚目のディスクを使ってインストールしようとしていませんか？
２枚目のディスクを使ってください。