ファイルを約二百個から千個のファイルを一度にMOVE若しくはCOPYするとExplorer.EXEが落ちると言う不具合ならSP6aを入れても改善されません。

これは、WinNTに限ったことではなく98や98SEでも起こる現象ですね。
これってはっきりいってバグじゃないんですか。
僕の場合は、COPYなどするときはエクスプローラは使わず、フリーソフトのファイル関連のツール(WinFDなど)を使ってます。
昔、エクスプローラで1GBをCOPYしたらデータがすべて吹っ飛びましたから。(めちゃ重要なファイルもあったのに）

NTのファイルシステムは、ファイルのアクセス時に必ずログを残していますので、十分な空き容量がない状態で短時間に大量のデータを書き込んだりすると、システムの処理能力不足で不安定になる場合があります。
防止策は、次のようになります。
(1)十分なメモリーを確保すること。日常的に大量のファイルにアクセスするならば、最低でも256MBytes以上のメモリーを使用してください。
(2)十分な空き容量を確保すること。最低でもアクセスするファイルの大きさの総量と同じだけの空き容量を確保してください。日常的に100Mbytesのデータを更新しているなら、更新処理に必要な空き領域以外に、同じドライブ内に最低でも100Mbytes、できれば200Mbytesの空き容量を常に確保しておいてください。
(3)アクセスログを整理する時間を確保するために、使用していないときでもなるべく稼動状態にしておく。
(4)高速なハードディスクを使用する。

使用しているパソコン構成を言いますと、
P3 500MHz
メモリー 128MByte
HD 10G NTFS
です。
パソコンは、24時間稼動しています。
ログファイルが、10秒に１回ぐらい、瞬間的に２秒に１回ぐらいの間隔でログファイルを１KBずつファイル生成しているようです。
システムの処理能力不足で不安定になるのかな。

　Find-FastやIndexサーバーが常駐していて、これらを使用していないのならば、動作を停止するなり、アンインストールしたほうがいいですよ。特別な理由がない限り、利便性よりも害のほうが大きいです。
　どんな利用の仕方をしてらっしゃいますか？　128MbytesだとスタンドアロンでMS-Officeなどを使用するだけなら十分ですが、データベースを使用するには少々力不足です。こうした用途には、CPUのクロック数よりもメインメモリーの量とバス速度の方が重要になります。10秒毎に定期的にアクセスしているのならば、動作させているアプリケーションにもよりますが、メモリー不足でスワップが発生している可能性があります。NTは5秒毎にキャッシュ上に出力したデータをディスクに吐き出しています。それ以外のタイミングでのアクセスは、リードアクセスかスワップです。
　ハードディスクコントローラーのドライバを最新のものに変えてみるのも、一つの手です。

RDBMSのログファイル・・・ではないんですよね？
とりあえず処理されるファイル数が極端に多いなら
NTFSのログサイズを拡張して様子をみるのもいいかも知れませんね...

皆さん、情報ありがとうございます。
集中管理用に使用していますので、メモリー等を調査してみます。

あ・・・ちなみにNTFSのログを拡張するにはCHKDSK C: /L:size です

そう言えばNT4.0では仮想メモリは手動で設定する必要が有る筈ですが、実メモリの2倍程に。（してますよね）