PC-9800で動作するライティングソフトでも今のところシステムバックアップに対応したものは残念ながらないようです。
B's Recorder Gold
http://www.bha.co.jp/goldwin/kinou/main.html
WinCDR
http://www.bha.co.jp/goldwin/kinou/main.html
NEROのシステムバックアップ機能やDriveImage for CDRなんかははなっからAT互換機しか相手にしてないんでやはり無理です。

というわけでシステムバックアップをとれるバックアップソフトと併用するのがいいのではないかと思います。
私はNT等FAT以外のフォーマットでもバックアップとれないと困るのでSCSI郎ディスクムーバーを使ってイメージを取り
適当なライティングソフトでCDに焼き付けてます。
http://www.bha.co.jp/goldwin/kinou/main.html

なるほど、よくわかりました。
さっそくNXに付けてやってみようと思います。
ソフト買わなければ・・・出費が・・・。
でも何か起きたときを考えるとやすいですね

アレ、てっきりPC-9800シリーズかと思ってましたが PC98-NXなんですか？
NXなら海外製のものも含めて（メーカーの保証があるかどうかは別ですが）AT互換機用の大半のソフトが動くと思いますよ。
（逆にPC-9800用のソフトはまず動かないでしょう）
PC-9800シリーズとPC98-NXはかなり事情が異なってくるので誤解をさけるためにもNXの場合はっきりとNXと書いておいた方がいいですよ。

私はAT互換機ではDriveImage（for CDRではない方）でバックアップを取っています。
http://www.netjapan.co.jp/ps/PowerQuest/di/index.html）

他にもSymantecのNortonGhost（これはWinCDRでも採用されています）なんてのもあるのでいろいろさがしてみてはいかがでしょうか
http://www.netjapan.co.jp/ps/PowerQuest/di/index.html
http://www.netjapan.co.jp/ps/PowerQuest/di/index.html

FATのバックアップをとれれば用が足りるのならオンラインソフトでもいろいろあるようです。

ただし、DriveImage（for CDRでないもの）、SCSI郎ディスクムーバー、NortonGhostなど大半のソフトは直接CD-Rにイメージを焼き付けることはできません。
いったんHDDやMOなどのリムーバブルメディアにイメージを保存した後、ライティングソフトを使ってイメージを焼くことになります。

http://homepage1.nifty.com/marimono/opening.html

まりもさんのサイトです。ここに便利ツールがありますので、立ち寄ってみてください。
(SilverStarさんが指摘しているように、CD-Rへの焼き付けは少し工夫が必要です)

文章がおろそかですみません。
98とNXを持っているのです。
いま98についているので、NXに付け買えようかと思っているわけです。
WinCDRがよさげですねぇ。情報ありがとうございました。